使用collect将R连接到MySQL时连接丢失

Question

我想使用dplyr和RMySQL来处理我的大数据。dplyr代码没有问题。问题(我认为)是关于将数据从MySQL导出到R。即使我在collect中使用n=Inf，我的连接每次都会断开。从理论上讲，我的数据应该有超过50K的行，但我只能返回15K左右。如有任何建议，欢迎光临。

方法1

library(dplyr)
library(RMySQL)

# Connect to a database and select a table 
my_db <- src_mysql(dbname='aermod_1', host = "localhost", user = "root", password = "")   
my_tbl <- tbl(my_db, "db_table") 
out_summary_station_raw <- select(my_tbl, -c(X, Y, AVERAGE_CONC))
out_station_mean_local <- collect(out_summary_station_raw)

方法2:使用Pool

library(pool)
library(RMySQL)
library(dplyr)

pool <- dbPool(
  drv = RMySQL::MySQL(),
  dbname = "aermod_1",
  host = "localhost",
  username = "root",
  password = ""
)

out_summary_station_raw <- src_pool(pool) %>% tbl("aermod_final") %>% select(-c(X, Y, AVERAGE_CONC))

out_station_mean_local <- collect(out_summary_station_raw, n = Inf)

警告消息(两种方法)：

Warning messages:
1: In dbFetch(res, n) : error while fetching rows
2: Only first 15,549 results retrieved. Use n = Inf to retrieve all. 

更新：

已检查日志，从服务器端看起来一切正常。在我的示例中，slow-log显示为Query_time: 79.348351 Lock_time: 0.000000 Rows_sent: 15552 Rows_examined: 16449696，但collect无法检索完整的数据。我可以使用MySQL Bench复制相同的移动。