使用OWL API将类子层次结构合并到另一个本体

Question

我有两个本体，称为本体A和本体B，其中没有任何个体。简单地说，我需要在本体A中获取一个概念C1及其子概念(概念的子层次结构)，并将其合并到本体B中的一个概念。在OWL API中有没有一种简单的方法来实现这一点，或者我必须从头开始编写这个逻辑？

我已经研究了其他一些相关的问题，但它们没有包含我需要的内容。Protege只包含合并两个本体的选项，这不是我的要求(Merge Ontology with Protege-OWL API)。我发现的这个关于合并本体的问题也适用于完全本体的合并(How to properly merge 2 ontologies with OWL API 4 or 3.5)。我想要的是将本体的一部分合并到另一部分。

很简单，在OWL API中有没有一种简单的方法来将本体的一部分(概念的子层次结构)合并到另一个本体中？

提前谢谢。

Answer 1

这个问题看起来很简单，但在编写代码之前，需要明确一些重要的约束条件。

本体中只有命名类和命名类之间的子类公理的子层次结构很简单：

A subclassOf B
C subclassOf B

B的子层次结构完全由这两个公理描述，因此您可以轻松地选择并复制它们：

OWLOntology source = ...
OWLOntology destination = ...
OWLClass a = ...

source.subClassAxiomsForSuperClass(a).forEach(destination::addAxiom);
// repeat on the subclass in each axiom recursively

然而，如果存在匿名类，问题很快就会变得更加复杂：

A subclassOf exist r D
exist r D subclassOf B
C subclassOf B

如果需要保留所有推理以及断言的层次结构(例如，上面示例中显示的GCI )，则选择要复制到目标本体的公理集将变得非常复杂。有很多关于模块化和原子分解的文献可用，它们都是研究领域，都涵盖了选择公理的主题，这些公理允许所有引用初始签名的推断-在这种情况下，是您的起始类。

您可以使用SyntacticLocalityModuleExtractor获取公理集

destination.addAxioms(new SyntacticLocalityModuleExtractor(
        source.getOWLOntologyManager(), 
        source, 
        ModuleType.STAR));

但是，您应该阅读文献中的相关文章，以了解可用方法的优点和局限性。以下是一些起点：

http://owl.cs.manchester.ac.uk/research/modularity/

http://www.cs.man.ac.uk/~delvescc/dl-10.pdf

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3113511/