我已经在R中创建了一个顺序模拟,以迭代一个过程10,0000次。这需要大约70分钟,所以我决定尝试与doParallel包并行执行相同的操作。
我的foreach循环调用了一个名为'inv.predict‘的函数,该函数不在任何现有的包中。当我运行代码时,我得到一个错误。
cl <- makeCluster(4)
registerDoParallel(cl)
ptm <- proc.time()
clupeaformis_cr <- foreach(i = 1:100, .packages = c("spider", "investr", "mgcv")) %dopar% {
clupeaformis_cr <- rep(NA, i)
clupeaformis_haplo_rand <- haploAccum(clupeaformis_aligned, method = "random", permutations = 1000)
N <- clupeaformis_haplo_rand$sequences
H <- clupeaformis_haplo_rand$n.haplotypes
d <- data.frame(N, H)
clupeaformis_cr <- gam(H ~ s(N, bs = "cr", k = 20), optimizer = c("outer", "bfgs"), data = d)
clupeaformis_cr[i] <- inv.predict(clupeaformis_cr, y = 21, x.name = "N", interval = TRUE,
lower = 1, upper = 1000000)
}
proc.time() - ptm
stopCluster(cl)
Error in { :
task 1 failed - "no applicable method for 'inv.predict' applied to an object of class "c('gam', 'glm', 'lm')""我不确定为什么这不能并行工作,但它在常规的for循环中工作。这个问题与我昨天发布的另一个问题有关。
我们热切欢迎任何帮助。
https://stackoverflow.com/questions/44685755
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