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具有自己创建的函数的doParallel
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Stack Overflow用户
提问于 2017-06-22 04:30:59
回答 0查看 1K关注 0票数 4

我已经在R中创建了一个顺序模拟,以迭代一个过程10,0000次。这需要大约70分钟,所以我决定尝试与doParallel包并行执行相同的操作。

我的foreach循环调用了一个名为'inv.predict‘的函数,该函数不在任何现有的包中。当我运行代码时,我得到一个错误。

代码语言:javascript
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cl <- makeCluster(4)
registerDoParallel(cl)
ptm <- proc.time()
clupeaformis_cr <- foreach(i = 1:100, .packages = c("spider", "investr", "mgcv")) %dopar% {
clupeaformis_cr <- rep(NA,  i)
clupeaformis_haplo_rand <- haploAccum(clupeaformis_aligned, method = "random", permutations = 1000) 

N <- clupeaformis_haplo_rand$sequences
H <- clupeaformis_haplo_rand$n.haplotypes
d <- data.frame(N, H)

clupeaformis_cr <- gam(H ~ s(N, bs = "cr", k = 20), optimizer = c("outer", "bfgs"), data = d)
clupeaformis_cr[i] <- inv.predict(clupeaformis_cr, y = 21, x.name = "N", interval = TRUE, 
               lower = 1, upper = 1000000)      
}

proc.time() - ptm
stopCluster(cl)


Error in { : 
   task 1 failed - "no applicable method for 'inv.predict' applied to an object of class "c('gam', 'glm', 'lm')""

我不确定为什么这不能并行工作,但它在常规的for循环中工作。这个问题与我昨天发布的另一个问题有关。

我们热切欢迎任何帮助。

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原文链接:

https://stackoverflow.com/questions/44685755

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