创建稀疏矩阵，然后对数据运行预测分析

Question

你好，R专家在这里，

我是一个尝试学习R的Stata程序员。我有一个数据框架，其中每个行ID都有值作为df1：

df1 <- data.frame(name=c("John", "Mary", "Joe", "Tim", "Bob", "Pat"),
                  v1=c(14,2,3,4,14,1),
                  v2=c(21,6,19,31,16,5),
                  v3=c(32,10,22,33,27,30),
                  v4=c(42,17,45,39,34,35),
                  v5=c(98,35,66,0,78,99),
                  v6=c(117,49,0,0, 89,186))

每个访问者ID列中的值范围从1到1000。这些基本上是每个访客ID在1000天内去看医生的天数。一些患者在症状消除后停止就诊，一些患者继续服药，并按医生的规定进行常规就诊。如果疾病复发，一些患者会在很长一段时间后再次就诊。

我想创建一个稀疏矩阵，其中包含从1天到1000天内去看医生的所有ID。你能建议一下如何创建一个稀疏矩阵吗？它在Stata中非常简单和直接，但在R中我想不出一种方法。

最终结果应采用以下形式：

name    1   2   3   4   5   6   10  14  16  17  19  21
John                                1               1
Mary        1               1   1           1       
Joe         1                               1

创建稀疏矩阵后，我必须预测患者下一次去看医生的时间。我计划创建一个稀疏矩阵，然后创建最近两次连续访问之间的差值的计算变量，然后对其进行逻辑回归。是否可以生成更多的KPI，以便仅使用给定的信息进行可靠的分析？有没有人能建议一下这个想法是否正确，或者是否有更好的方法来接近它。

提前谢谢。

Answer 1

关于如何创建稀疏矩阵的问题很容易回答，您提供了一个编码示例。我不认为你需要安装这个包，因为它是任何发行版附带的“推荐”类别的包。

library(Matrix)
help(pac=Matrix)
M <-  Matrix(data.matrix( df1[-1]), sparse=TRUE)  # remove character column first
6 x 6 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
     v1 v2 v3 v4 v5  v6
[1,] 14 21 32 42 98 117
[2,]  2  6 10 17 35  49
[3,]  3 19 22 45 66   .
[4,]  4 31 33 39  .   .
[5,] 14 16 27 34 78  89
[6,]  1  5 30 35 99 186

就修订后的问题而言：

# first create index vectors
xix <- c( row(data.matrix(df1[-1]))[!is.na(df1[-1])])
xjy <- c(df1[-1][!is.na(df1[-1])])

然后向索引参数提供非NA值，并提供足够的1来填充索引位置：

 M <- spMatrix(6, 186, i = xix, j=xjy, x=rep(1,length(c( row(data.matrix(df1[-1]))[!is.na(df1[-1])])))) 
> str(M)
Formal class 'dgTMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots
  ..@ i       : int [1:33] 0 1 2 3 4 5 0 1 2 3 ...
  ..@ j       : int [1:33] 13 1 2 3 13 0 20 5 18 30 ...
  ..@ Dim     : int [1:2] 6 186
  ..@ Dimnames:List of 2
  .. ..$ : NULL
  .. ..$ : NULL
  ..@ x       : num [1:33] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
  ..@ factors : list()
> M[1:6, 1:25]  # enough output to show success
6 x 25 sparse Matrix of class "dgTMatrix"

[1,] . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . 1 . . . .
[2,] . 1 . . . 1 . . . 1 . . . . . . 1 . . . . . . . .
[3,] . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . 1 . . .
[4,] . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
[5,] . . . . . . . . . . . . . 1 . 1 . . . . . . . . .
[6,] 1 . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
>