用于在R中创建用于网络分析的多个图的循环或向量

Question

我已经从一个带有igraph的数据框中创建了一个图表，显示了学生如何在职业课程之间移动。前两列是“From”和“To”，它们包含资格名称(顶点)，每次学生第一次注册课程(From)和随后注册另一个课程(To)时都会出现。其余列包含与该特定学生的人口统计相关的值。

我想创建和绘制从每个单独的课程(788个独特的课程)到“OR”的运动的各个网络。我可以通过子图或过滤原始数据帧来实现这一点，但我认为需要一个循环或lapply函数，这样我就不需要重复键入公式。我还想为每个网络创建一个图和PDF。不幸的是，我的R技能还不够好，不足以让我弄清楚loop/lapply部分。

我的数据框的前两列概述如下(出于隐私原因，我删除了学生信息)：

    > dput(droplevels(head(df)))
structure(list(From = structure(c(5L, 1L, 6L, 4L, 2L, 3L), .Label = c("ADVANCED DIPLOMA OF ACCOUNTING", 
"ADVANCED DIPLOMA OF CONVEYANCING", "ADVANCED DIPLOMA OF LEADERSHIP AND MANAGEMENT", 
"ADVANCED DIPLOMA OF NETWORK SECURITY", "ADVANCED DIPLOMA OF POLICING", 
"ADVANCED DIPLOMA OF VISUAL ARTS"), class = "factor"), To = structure(c(5L, 
1L, 6L, 3L, 2L, 4L), .Label = c("DIPLOMA OF ACCOUNTING", "DIPLOMA OF EVENT MANAGEMENT", 
"DIPLOMA OF INFORMATION TECHNOLOGY NETWORKING", "DIPLOMA OF LEADERSHIP AND MANAGEMENT", 
"DIPLOMA OF POLICING", "DIPLOMA OF VISUAL ARTS"), class = "factor")), row.names = c(NA, 
6L), class = "data.frame")

然后创建图形，如下所示

g <- graph_from_data_frame(df, directed = TRUE, vertices = NULL)
E(g)$weight <- 1
    g <- delete.edges(g, which(E(g)$weight <= 10)) 
g <- delete.vertices(g,which(degree(g)==0))

然后，我通过一些颜色和标签的变化来使情节变得漂亮，并如下所示制作了一个pdf。

pdf("Qual_Pathways.pdf", width = 11.7, height = 16.5)
plot(g)
dev.off

我如何才能使From或To中的每个唯一值循环通过，以生成一系列788网络，以显示与该特定资格的连接？我真的很感谢任何人的帮助，我似乎找不到任何东西。

Answer 1

我想这可能就是你想要做的。首先，确保setwd到一个所有绘图将被转储到的目录。接下来，创建一个包含所有ego图的对象，即只包含连接到特定节点的节点：

library(igraph)  # you must have loaded it earlier, but just in case
z <- make_ego_graph(g)

这将生成一个igraph对象列表：

> z
[[1]]
IGRAPH 3e60c3b DNW- 4 4 -- 
+ attr: name (v/c), salary_income (e/n), other_income (e/n), survey_weights (e/n), weight
| (e/n)
+ edges from 3e60c3b (vertex names):
[1] 1->1 2->1 4->1 6->1

[[2]]
IGRAPH 3e60c3b DNW- 2 2 -- 
+ attr: name (v/c), salary_income (e/n), other_income (e/n), survey_weights (e/n), weight
| (e/n)
+ edges from 3e60c3b (vertex names):
[1] 1->1 2->1

...

[[7]]
IGRAPH 3e60c3c DNW- 3 2 -- 
+ attr: name (v/c), salary_income (e/n), other_income (e/n), survey_weights (e/n), weight 
| (e/n)
+ edges from 3e60c3c (vertex names):
[1] 3->0 5->0

您可以将所有7个ego网络转储到如下文件中：

jpeg(filename="EgoGraph%03d.jpeg")
for (i in 1:length(z)) { plot(z[[i]]) }
dev.off()

现在去看看你setwd到的目录，将会有EgoGraph001.jpeg到EgoGraph007.jpeg。如果您对整个数据集执行此操作，并且它有788个节点，那么它将在该目录中提供788个绘图。