使用"ComplexHeatmap“软件包的热图树状图

Question

我正在使用"ComplexHeatmap“包在一个矩阵中创建一个相关性的热图。我想对热图的树状图使用我自己的聚类，所以我运行以下代码：

library(ComplexHeatmap);
mat = matrix(rnorm(800),80,10);
cor.mat= cor(mat)
dist.mat = (1-cor.mat)/2;
rowdist = dist(as.matrix(dist.mat), method = "euclidean")
rowcluster = hclust(rowdist, method = "ward.D2")
coldist = dist(t(as.matrix(dist.mat)), method = "euclidean")
colcluster = hclust(coldist, method = "ward.D2")
par(mfrow=c(1,2));plot(rowcluster);plot(colcluster);
Heatmap(cor.mat ,cluster_rows=rowcluster, cluster_columns=colcluster)

问题是，我在行和列上得到了不同的集群(不对称)，尽管集群对象是相同的。即使我为行和列传递了完全相同的对象，它仍然为行和列显示不同的顺序。如果我只创建树状图，即plot(rowcluster)或plot(colcluster)，它们是相同的。

我想要一个对称的热图。知道为什么会这样吗？谢谢

Answer 1

使用rowclust=colclust。

不需要转置。

但请注意，您已经有了一个距离矩阵，所以"euclidean“是错误的。您正在计算距离矩阵的距离矩阵！