使用ComplexHeatmap包创建多个热图时出错

Question

我在使用ComplexHeatmap包创建多个热图时遇到了困难。当我运行一个脚本，其中包含的代码完全取自文档(https://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/ComplexHeatmap/inst/doc/s3.a_list_of_heatmaps.html)...

library(ComplexHeatmap)

mat1 = matrix(rnorm(80, 2), 8, 10)
mat1 = rbind(mat1, matrix(rnorm(40, -2), 4, 10))
rownames(mat1) = paste0("R", 1:12)
colnames(mat1) = paste0("C", 1:10)

mat2 = matrix(rnorm(60, 2), 6, 10)
mat2 = rbind(mat2, matrix(rnorm(60, -2), 6, 10))
rownames(mat2) = paste0("R", 1:12)
colnames(mat2) = paste0("C", 1:10)

ht1 = Heatmap(mat1, name = "ht1")
ht2 = Heatmap(mat2, name = "ht2")
class(ht1)

class(ht2)

ht1 + ht2

..。我得到了错误消息：

Error in ht1 + ht2 : non-numeric argument to binary operator
Execution halted

我在MacOSX10.12.2和ComplexHeatmap版本1.12.0上运行R版本3.3.2 (2016-10-31) --“真诚的南瓜补丁”。谢谢你的帮助！

Answer 1

我想通了。问题是“方法”包需要附加。如果你直接在R中运行上面的代码(我没有这样做)，它会按原样工作(因为R显然默认加载了方法包)，但是如果你在一个文件中有脚本并通过Rscript运行它(这就是我正在做的)，你会得到指定的错误。但是，如果您添加

 library(methods)

在脚本的顶部，它通过Rscript工作。