如何使用hclust中的变量创建向量

Question

我在一个应用于df的大脚本中使用hclust函数，如下例所示：

HClust <- hclust(d = dist(model.matrix(~-1 + A + B + C + D, df))^2, method = "centroid")

我只想在df中指定一次变量，例如。MgO，Zn，CaO...当我调用hclust()时，我希望它们是自动的。

我尝试创建一个向量，它将以我将用于hclust调用的格式包含dataframe变量。但是由此得到的树状图是不正确的。

  vars_for_clust <- paste(colnames(df),"+") 

它提供了以下内容：

vars_for_clust
[1] "A+" "B+" "C+"

并在hclust调用中使用此向量：

  HClust <- hclust(d = dist(model.matrix(~-1 + vars_for_clust, df))^2, method = "centroid")

但有些地方出了问题，因为即使它没有给出错误，所得到的树状图也是不正确的(所有垂直线都是相等的)

谢谢！！

示例数据位于：https://github.com/esteful/kaixo

Answer 1

这里有两个问题: 1.使用paste；2.使用vars_for_clust作为model.matrix的参数。

要获得所需内容，应将整个公式构造为字符串，然后将其转换为公式-如下所示：

(FormString <- paste(c("~ -1", colnames(df)), collapse=" + "))
[1] "~ -1 + A + B + C"
HClust <- hclust(d = dist(model.matrix(as.formula(FormString), df))^2, method = "centroid")