系统出错(paste(“identify”，shQuote(fileName))，intern = TRUE)：找不到'identify‘

Question

我尝试使用R和Bioconductor来创建一个用于分析大型流式细胞仪数据集的通用工作流程。我基本上关注了this guide。

然而，我被质量控制部分卡住了。一般来说，任务是创建一个文件夹，并在其中写入一个pdf。这方面的代码非常简单：

QAdest <- tempdir()
qp1 <- qaProcess.marginevents(flowdata, channels = c("FSC-A","SSC-A"),
                              outdir = QAdest, pdf = T) 
qp2 <- qaProcess.cellnumber(tData, outdir = QAdest, cFactor = 2, pdf = TRUE)
qp3 <- qaProcess.timeline(tData, channels = "FSC-A", outdir = QAdest, cutoff = 1, pdf = TRUE)
qp4 <- qaProcess.timeflow(tData, channels = "FSC-A", outdir = QAdest, cutoff = 2, pdf = TRUE)

url <- writeQAReport(tData, processes = list(qp1, qp2, qp3, qp4), outdir = QAdest, pdf = TRUE)

不幸的是，这段代码不能工作，我总是收到以下错误消息：

Error in system(paste("identify", shQuote(fileName)), intern = TRUE) : 
  'identify' not found

变量flowdata和tData早先被定义为流集，并与其他函数一起使用。此外，R成功地创建了单个汇总，但由于前面提到的错误，它没有定义变量qp1到qp4。因此，writeQAReport函数不起作用。

此外，使用另一个目录(而不是tempdir文件夹)也不起作用。我还重新安装了R和RStudio，但没有任何帮助。

我猜这个错误与bioconductor本身无关，而是与所进行的系统调用有关。我找不到任何解决这个问题的方法，希望你能帮助我。

我运行的是Windows10，如果有必要的话，我使用的是RStudio。

非常感谢!

Answer 1

上面引用的这行代码试图调用一个系统函数identify，我认为它来自ImageMagick，因此需要在您的计算机上安装ImageMagick。

也许more recent workflow (你引用的是8岁的)更有帮助？