与R中的plot3D包重叠的标签

Question

我目前正在使用R中的plot3D包创建一个3D散点图，并且我想将数据标签添加到我的数据点。但是，我的一些数据点彼此具有相同的值，我希望找到一种类似于ggrepel的解决方案，该解决方案可以从这些点偏移数据标签，以便这些点的标签清晰可读。示例代码如下：

library(plot3D)
names <- c("A", "B", "C", "D", "E")
x <- c(1,1,2,3,4)
y <- c(1,1,3,4,5)
z <- c(1,1,4,5,6)

scatter3D(x, y, z)
text3D(x,y,z, names, add = TRUE, cex = 1)

A和B的标签当前相互叠加。

我也尝试使用directlabels包，但它似乎无法识别text3D或plot3D对象。任何帮助都将不胜感激。

Answer 1

plotrix::thigmophobe函数用于确定方向，以尝试阻止标签在2D绘图中重叠。rgl没有任何等效的东西，而且由于您可以旋转绘图，所以您总是能够在彼此的顶部旋转标签。但是，下面的函数尝试为一个特定视图放置标签，使它们不会重叠。

thigmophobe.text3d <- function(x, y = NULL, z = NULL, texts, ...) {
  xyz <- xyz.coords(x, y, z)

  # Get the coordinates as columns in a matrix in
  # homogeneous coordinates
  pts3d <- rbind(xyz$x, xyz$y, xyz$z, 1)

  # Apply the viewing transformations and convert 
  # back to Euclidean
  pts2d <- asEuclidean(t(par3d("projMatrix") %*% 
                         par3d("modelMatrix") %*% 
                         pts3d))

  # Find directions so that the projections don't overlap
  pos <- plotrix::thigmophobe(pts2d)

  # Set adjustments for the 4 possible directions
  adjs <- matrix(c(0.5, 1.2,   
                   1.2, 0.5,  
                   0.5, -0.2,  
                  -0.2, 0.5), 
                 4, 2, byrow = TRUE)

  # Plot labels one at a time in appropriate directions.
  for (i in seq_along(xyz$x)) 
    text3d(pts3d[1:3, i], texts = texts[i], 
           adj = adjs[pos[i],], ...)
}

上面的函数有一些问题:它基于rgl::text3d而不是plot3D::text3D，所以可选参数是不同的；它一次绘制一个标签，如果你有很多标签，效率可能会很低，它不做错误检查，等等。

编辑后添加：

未发布的rgl版本0.99.20添加了一个thigmophobe3d函数来执行此操作。现在你只能从https://r-forge.r-project.org/R/?group_id=234或Github mirror https://github.com/rforge/rgl获取它。