Rmarkdown中的CRAN镜像

Question

我是Rmarkdown的新手，我在设置稍后将在文档中使用的库时遇到了问题。

我的.Rmd文件：

# Rmarkdown for tree
#### 
#### 

### load packages
```{r}

图书馆(Ctv)

Install.views(“系统遗传学”)

Update.views(“系统遗传学”)

库(Ape)

库(Adegenet)

库(Phangorn)

我将得到的错误消息是

error in available.views(repos = repos) : trying to use CRAN without setting a mirror Calls: 
<Anonymous> ... install.views -> .get_pkgs_from_ctv_or_repos -> available.views

我如何成功地安装软件包，以便我的下游分析可以工作？

谢谢!

Answer 1

这个解决方案是两个元素的组合。第一，在未事先检查是否已安装的情况下，不要在R Markdown中通过代码块安装包。

您可以使用@Frank的答案以编程方式定义您的镜像。

您的设置块将如下所示(repo和包仅用于说明，请相应更改)：

```{r setup, include=FALSE, echo=FALSE}

R <- getOption("repos")

r"CRAN“<- "http://cran.cnr.berkeley.edu/”

选项(repos= r)

如果(！require(GridExtra)){

install.packages("gridExtra")

}

如果(！require(自动裁剪)){

devtools::install_github("jhollist/autocrop")

}

库(“gridExtra”)

库(“自动裁剪”)