将显示平均值和四分位数范围的功能区添加到ggplot2

Question

我使用以下示例数据和代码

# Example
x1<- as.Date("2013-12-31")
adddate1 <- 1:60
dts <- x1 + adddate1

df <- data.frame(a=runif(100),b=runif(100),c=runif(100) ,d=rnorm(2700), dates=dts)
df$Metric <- ifelse(df$a > 0.5,"a", "b")

df$Methodology <- ifelse(df$a > 0.5,"One", "Two")
df$Methodology <- factor(df$Methodology)

pl<-df %>%
  group_by(Methodology) %>%
  do(
    plots = ggplot(data=., aes(x = dates, y = b)) +
              geom_point() +
              stat_smooth(method="auto",size=1.5) +
              stat_summary(fun.data=median_hilow, fun.args=(conf.int=1)) + # Show IQR
              scale_x_date(date_breaks = "1 week", date_labels =  "%d-%b-%y") +
              facet_wrap(~Metric, scales="free") +
              ggtitle(unique(.$Methodology)) 
    )
pl[[1,2]]

我看到的输出是：

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但是，我希望看到由stat_summary或某些类似例程计算的IQR显示为带状图，以及显示中间值的线条。

我怀疑我将不得不编写一个用户定义的函数，并尝试使用它。

感谢任何提示或提示。

Answer 1

您可以在geom_smooth中使用stat_summary

library(ggplot2)
set.seed(47)

df <- data.frame(a = runif(100), 
                 b = runif(100), 
                 c = runif(100), 
                 d = rnorm(2700), 
                 dates = as.Date("2013-12-31") + 1:60)
df$Metric <- ifelse(df$a > 0.5, "a", "b")
df$Methodology <- factor(ifelse(df$a > 0.5, "One", "Two"))


ggplot(df, aes(x = dates, y = b)) +
    geom_point() +
    stat_smooth(size = 1.5) +
    geom_smooth(stat = 'summary', alpha = 0.2, fill = 'red', color = 'red',
                fun.data = median_hilow, fun.args = list(conf.int = 1)) + 
    scale_x_date(date_breaks = "1 week", date_labels =  "%d-%b-%y") +
    facet_wrap(~ Methodology + Metric, ncol = 1)
#> `geom_smooth()` using method = 'gam' and formula 'y ~ s(x, bs = "cs")'

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从conf.int = 1开始，这将在每个x值处的最小值和最大值之间绘制一条功能区，中位数作为线。如果您实际上想绘制25%和75%，请设置conf.int = 0.5。在这个数据上，每个x值没有足够的观测值，因此看起来非常不同，所以在一些新的样本数据上，

library(ggplot2)
set.seed(47)

ggplot(tibble::tibble(x = rep(seq(0, 4*pi, length.out = 50), 50), 
                      y = rnorm(2500) * sin(x) + sin(x)), 
       aes(x, y)) + 
    geom_point(alpha = 0.1) + 
    geom_smooth(fill = 'darkblue') + 
    geom_smooth(stat = 'summary', color = 'red', fill = 'red', alpha = 0.2, 
                fun.data = median_hilow, fun.args = list(conf.int = 0.5))
#> `geom_smooth()` using method = 'gam' and formula 'y ~ s(x, bs = "cs")'

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median_hilow (实际上是Hmisc::smedian.hilow)不允许您设置分位数的类型，因此为了更精确地控制，请重写函数(返回类似结构的数据帧)，或者将每个统计信息的单独函数传递给fun.y、fun.ymin和fun.ymax参数。

Answer 2

R或ggplot 2中的某些内容发生了变化，但stat_summary()不再使用geom =‘平滑’选项。它需要是geom = 'ribbon‘。这与R 3.6.0和ggplot 3.1.1中所宣传的一样

library(ggplot2)
set.seed(47)

ggplot(tibble::data_frame(x = rep(seq(0, 4*pi, length.out = 50), 50), 
                          y = rnorm(2500) * sin(x) + sin(x)), 
       aes(x, y)) + 
    geom_point(alpha = 0.1) + 
    geom_smooth(fill = 'darkblue') + 
    stat_summary(fun.data = median_hilow, fun.args = list(conf.int = 0.5), 
                 geom = 'ribbon', color = 'red', fill = 'red', alpha = 0.2)