如何从同一函数内的两个循环中获得结果？

Question

我有一个函数可以为我的数据计算“或”类型的列表。

keyword = sys.argv[1]  # a name from the Name column

def exon_coords():
    exon_start_plus = [] # Plus strand coordinates
    exon_start_minus = [] # Minus strand coordinates
    for line in csv.reader(sys.stdin, csv.excel_tab):
        if len(line) >= 1:
            if re.search(keyword, str(line)): # If arg keyword exists in file
                if line[3] == "-": # If the DNA strand is a minus strand
                    chrompos = line[0] + ";" # Get the chromosome position
                    exon_start_minus.append(chrompos+line[1]) # Full exon position
                else: # all other lines are plus strands
                    chrompos = line[0] + ";" 
                    exon_start_plus.append(chrompos+line[1])

return exon_start_minus, exon_start_plus #Return lists

目标是编写一个包含坐标的输出文本文件。

with open(keyword+"_plus.txt", "w") as thefile:
    for item in exon_start_plus:
        thefile.write("{}, ".format(item))

或者，如果关键字导致了负线：

with open(keyword+"_minus.txt", "w") as thefile:
    for item in exon_start_minus:
        thefile.write("{}, ".format(item))

我试着把这些写文件放在代码中，但是返回函数不会给我完整的列表，我每次只写一个坐标。我将它们放在末尾，但这会导致空文件和空字符串-我希望将此作为一个函数，并让它确定关键字(即基因ID)是否具有给定的正/负链坐标(我有一个包含此数据的巨大数据文件，重点是不手动扫描ID并查看它们是否为正/负DNA链)。

谢谢!

编辑(示例数据，必须删除一些列，所以我也编辑了代码)：

Position    Start   End Strand  Overhang    Name
1   3798630 3798861 +   .   ENSPFOG0000001
1   3799259 3799404 +   .   ENSPFOG0000001
1   3809992 3810195 +   .   ENSPFOG0000001
1   3810582 3810729 +   .   ENSPFOG0000001
2   4084800 4084866 -   .   ENSPFOG0000002
2   4084466 4084566 -   .   ENSPFOG0000002
2   4084089 4084179 -   .   ENSPFOG0000002

因此，如果我使用ENSPFOG0000001作为我的关键字，那么脚本应该运行并确定线束是正的，收集列表中的起始坐标，然后输出一个只包含这些坐标的文件。该文件将附加keyword+"_plus.txt“。如果它是ENSPFOG0000002，那么它将收集负链坐标，并创建一个文件，在其中创建keyword+"_minus.txt“。

Answer 1

空列表的计算结果为False：

>>> exon_start_minus, exon_start_plus = [], []
>>> bool(exon_start_minus), bool(exon_start_plus)
(False, False)
>>> exon_start_minus, exon_start_plus = [1], []
>>> bool(exon_start_minus), bool(exon_start_plus)
(True, False)
>>> exon_start_minus, exon_start_plus = [1], [1]
>>> bool(exon_start_minus), bool(exon_start_plus)
(True, True)
>>> exon_start_minus, exon_start_plus = [], [1]
>>> bool(exon_start_minus), bool(exon_start_plus)
(False, True)

因此，您可以测试空列表并采取适当的操作

>>> if exon_start_plus:
    print('!!!')

!!!
>>> if exon_start_minus:
    print('!!!')

>>> 

要从函数检索两个列表，请执行以下操作：

exon_start_minus, exon_start_plus =  exon_coords()