在R.中使用Nagelkerke R-Squared进行自举

Question

我是R中的新手，我尝试在R中使用statistics ()函数，使用Nagelkerke R平方作为引导参数。我知道我需要一个函数来测量重新采样时原始数据的Nagelkerke R平方。然而，我不知道我应该把什么作为统计函数。

我知道Nagelkerke平方可以通过使用偏差和Null.deviance来计算，给定Logit回归。我编写了计算Nagelkerke R平方的函数。

  NagR2 <- function(Objects){

  n <- nrow(Objects)
  
  reg <- glm(form,
                    family = binomial("logit"), data = datainput)

  mo <- stepAIC(regression,direction = c("backward"), trace = FALSE)
  
  
  R2cox <-  1- exp((mo$deviance - mo$null.deviance)/n)
  R2nag <-  R2cox/(1-exp((-mo$null.deviance)/n))
  R2nag
  }

我应该如何更改我的NagR2函数，以便在boot()函数中将其用作统计信息？

Answer 1

您需要更改函数，将输入data.frame作为第一个参数，将data.frame的索引作为第二个参数，以及其他参数，因此稍微更改一下现有的函数：

NagR2 <- function(datainput,ind,form){

  n <- nrow(datainput[ind,])
  reg <- glm(form,family = binomial("logit"), data = datainput[ind,])
  mo <- stepAIC(reg,direction = c("backward"), trace = FALSE)
  
  R2cox <-  1- exp((mo$deviance - mo$null.deviance)/n)
  R2nag <-  R2cox/(1-exp((-mo$null.deviance)/n))
  R2nag
  }

并应用于测试数据集：

library(MASS)
library(boot)

dat = iris
dat$Species=factor(ifelse(dat$Species=="versicolor","v","o"))

bo = boot(dat,statistic=NagR2,R=100,form = as.formula(Species ~ .))

ORDINARY NONPARAMETRIC BOOTSTRAP


Call:
boot(data = dat, statistic = NagR2, R = 100, form = as.formula(Species ~ 
    .))


Bootstrap Statistics :
     original     bias    std. error
t1* 0.3650395 0.01470299   0.0720022