Pip使用本地安装的依赖项安装scikit-image

Question

我正在尝试在没有管理员权限的服务器上安装scikit-image。Scikit-image需要CythonCython0.23作为依赖项，但服务器全局安装了>= 0.21。

$ which Cython
/opt/apps/software/MPI/GCC/4.8.3/OpenMPI/1.8.8/Python/2.7.9/bin/cython

$ cython --version
Cython version 0.21.2

我可以在本地将Cython0.25.2安装到我的项目的.pip文件夹中(遵循建议here)：

$ pip install Cython -t .pip
$ python ./.pip/cython.py --version
Cython version 0.25.2

我已经将./.pip添加到我的PYTHONPATH的开头，但是当我尝试安装scikit image时，我得到

$ pip install --user scikit-image
...
RuntimeError: Cython >= 0.23 needed to build scikit-image

如何告诉pip安装程序使用my_project/.pip中的Cython版本？

Answer 1

结果是集群模块管理系统将旧版本的Cython添加到Python的sys.path中，优先级比我能添加到PYTHONPATH中的任何东西都要高。当我卸载我一直在使用的Python模块时，集群上的默认版本是2.7.5，它没有pip，所以我不能在卸载模块时以用户身份安装scikit-image (此外，如果没有模块，许多依赖项就会丢失)。

解决方案是使用virtualenv，创建一个环境，并在该环境中安装我的软件包。为了运行我的代码，我现在使用/path/to/virtualenv/python my_file。

从好的方面来说，我现在对集群模块系统和Python路径有了更多的了解。祈祷这个答案最终对其他人有用。关于Python在哪里寻找依赖关系的一个有趣的讨论是here。