如何在rmarkdown中使用stan

Question

我想在笔记本上用rstan得到一个模型的估计系数

我有以下stan块：

```{stan output.var="rats"}

数据{

int N；

int T；

真正的xT；

real yN，T；

真正的xbar；

}

参数{

真正的alphaN；

真正的betaN；

真正的mu_alpha；

原始bugs模型中的real mu_beta；// beta.c

real sigmasq_y；

real sigmasq_alpha；

real sigmasq_beta；

}

已转换的参数{

原始错误模型中的real sigma_y；// sigma

real sigma_alpha；

real sigma_beta；

sigma_y = sqrt(sigmasq_y)；

sigma_alpha = sqrt(sigmasq_alpha)；

sigma_beta = sqrt(sigmasq_beta)；

}

模型{

mu_alpha ~ normal(0,100)；

mu_beta ~ normal(0,100)；

sigmasq_y ~ inv_gamma(0.001，0.001)；

sigmasq_alpha ~ inv_gamma(0.001，0.001)；

sigmasq_beta ~ inv_gamma(0.001，0.001)；

alpha ~ normal(mu_alpha，sigma_alpha)；//矢量化

beta ~ normal(mu_beta，sigma_beta)；//矢量化

for (n in 1:N)

for (t in 1:T) 

  y[n,t] ~ normal(alpha[n] + beta[n] * (x[t] - xbar), sigma_y);

}

生成的数量{

真正的alpha0；

alpha0 = mu_alpha - xbar * mu_beta；

}

我还有以下数据

```{r}

df <- read_delim("https://raw.githubusercontent.com/wiki/stan-dev/rstan/rats.txt",delim =“")

Y <- as.matrix(df)

X <- c(8,15,22,29,36)

xbar <-均值(X)

N <- nrow(y)

T <- ncol(y)

github上的documentation显示为rats_fit <- stan(file = 'https://raw.githubusercontent.com/stan-dev/example-models/master/bugs_examples/vol1/rats/rats.stan')，但由于我使用的是块，因此没有文件可供参考。

我试过stan(rats)，summary(rats)，print(rats)，但这些似乎都不起作用。

Answer 1

第一个RMarkdown块在幕后调用rats <- rstan::stan_model(model_code=the_text)，因此为了从后验分布中采样，您最终需要执行rats_fit <- sampling(rats, data = list())，其剩余参数与stan的参数几乎相同。但在此之前，您必须调用library(rstan)。

Answer 2

谢谢!在你的帮助下，我想出了以下几点

library(tidyverse)
df <- read_delim("https://raw.githubusercontent.com/wiki/stan-dev/rstan/rats.txt",delim = " ")
y <- as.matrix(df)
x <- c(8,15,22,29,36)
xbar <- mean(x)
N <- nrow(y)
T <- ncol(y)
library(rstan)
options(mc.cores = parallel::detectCores())
rats_fit <- rstan::sampling(rats, 
                     data = list(y,x,xbar,N,T))
rstan::summary(rats_fit)