使用rentrez从pubmed中解析出作者和从属关系

Question

我的总体目标是建立一个共同作者网络图。我有一个PubMed ID的列表，这些是我唯一感兴趣的出版物，用于绘制联合作者网络的图表。我不知道如何在我的查询中使用rentrez同时获得作者姓名和各自的从属关系。我可以得到这两个信息，但我的从属关系列表比我的作者列表少了大约300人，所以很明显，有些人没有提供从属关系，但我不知道是谁。有没有办法同时搜索作者和从属关系？当我在我的entrez_fetch中做这两件事时，它只给了我一个单独的作者和从属关系列表，所以我仍然不能弄清楚哪些从属关系属于哪些作者。

library(tidyverse)
library(rentrez)
library(XML)

trial<-entrez_fetch(db="pubmed", id=pub.list$PMID, rettype="xml", parsed=TRUE)
affiliations<-xpathSApply(trial, "//Affiliation", xmlValue)
first.names<-xpathSApply(trial, "//Author/ForeName", xmlValue)

这一切都很好，但我不能弄清楚哪些作者属于哪个从属关系，因为他们的长度不同。

任何帮助都将不胜感激。谢谢!

Answer 1

您可以尝试如下所示：

xpathSApply(trial, "//Author", function(x) {
  author_name <- xmlValue(x[["LastName"]])
  author_affiliation <- xmlValue(x[["AffiliationInfo"]][["Affiliation"]])
  c(author_name,author_affiliation)
  })

它通过为每个//Author节点获取这些值，在第一行返回作者的姓氏，在第二行返回作者的从属关系。

Answer 2

last.name<-xpathSApply(trial, "//Author", function(x) {
  author_name <- xmlValue(x[["LastName"]])})

affiliation<-xpathSApply(trial, "//Author", function(x) {
  author_affiliation <- xmlValue(x[["AffiliationInfo"]][["Affiliation"]])})

这就是我最终使用的，遵循NicE的格式，并且它起作用了--我可以看到NA代表从属关系的位置。

Answer 3

我采用了@NicE的代码和@Shirley的评论，并编写了以下代码：

lastname_affiliation <-data.frame(cbind(
    xpathSApply(trial, "//Author", function(x) {
        author_name <- xmlValue(x[["LastName"]])
    }), 
    xpathSApply(trial, "//Author", function(x) {
        author_affiliation <- xmlValue(x[["AffiliationInfo"]][["Affiliation"]])
    })
))

谢谢你让我走上了正确的道路。