使用KeyError的InputFunctionException

Question

假设我有一段python代码，它生成一个字典作为结果。我需要在一个单独的文件夹中编写字典的每个元素，稍后将由snakemake中的其他规则集使用。我写的代码如下，但它不能工作！

simulation_index_dict={1:'test1',2:'test2'}


def indexer(wildcards):
    return(simulation_index_dict[wildcards.simulation_index])

rule SimulateAll:
       input:
        expand("{simulation_index}/ProteinCodingGene/alfsim.drw",simulation_index=simulation_index_dict.keys())



rule simulate_phylogeny:
    output:
        ProteinCodingGeneParams=expand("{{simulation_index}}/ProteinCodingGene/alfsim.drw"),
        IntergenicRegionParams=expand("{{simulation_index}}/IntergenicRegions/dawg_IR.dawg"),
        RNAGeneParams=expand("{{simulation_index}}/IntergenicRegions/dawg_RG.dawg"),
        RepeatRegionParams=expand("{{simulation_index}}/IntergenicRegions/dawg_RR.dawg"),
    params:
        value= indexer,
    shell:
        """
        echo {params.value} > {output.ProteinCodingGeneParams}
        echo {params.value} > {output.IntergenicRegionParams}
        echo {params.value} > {output.RNAGeneParams}
        echo {params.value} > {output.RepeatRegionParams}
        """

它返回的错误是：

InputFunctionException in line 14 of /$/test.snake:
KeyError: '1'
Wildcards:
simulation_index=1

看起来问题出在规则的params部分，因为删除它会消除错误，但我不知道params有什么问题！

Answer 1

解决方案:使用字符串作为字典键

可以从错误消息(KeyError: '1')中猜测，字典中的某个查询在'1'键上出错，而这个键恰好是一个字符串。

但是，indexer "params“函数中使用的字典将整数作为键。

显然，使用字符串而不是int作为这个simulation_index_dict字典的键可以解决这个问题(参见问题下面的注释)。

原因:工作流推理过程中类型信息丢失

问题的原因很可能是分配给SimulateAll中expand的simulation_index参数的值的整数性质(从simulation_index_dict.keys()继承)在工作流推理的后续步骤中被“遗忘”。

实际上，expand会生成一个字符串列表，然后将这些字符串与其他规则(也包含在字符串中)的输出进行匹配，以推断wildcards属性(也是字符串)的值。因此，当执行indexer函数时，wildcards.simulation_index是一个字符串，这会导致在simulation_index_dict中查找它时出现KeyError。