一次读取多个.h5文件

Question

我正在使用rhdf5库。而且我想一次读很多文件。我在文件夹输入中有我的.h5文件，然后我尝试：

filenames <- list.files("input", pattern="*.h5", full.names=TRUE)
read_h5<- function(file) {h5read(file, "/datasets/data1/data0")}
for (i in 1:length(filenames)) {
   read_h5(filenames[i])
}

它没有显示任何错误。只要我执行它，什么也不会发生。我也尝试过lapply(filenames,h5read(filenames,name="/datasets/data1/data0"),.GlobalEnv)

但是在这里我收到了一个错误：“条件的长度大于1，只会使用第一个元素”。

为什么它不起作用？

Answer 1

如果有人会有类似的问题，我将与你分享我是如何处理这个问题的。不幸的是，我不得不改变我的尝试。

我的R脚本看起来像这样(test.R)：

library(rhdf5)
args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)
filename <- args[1]
output<-args[2]
my_data<-h5read(filename, "/datasets/data1/data0")
write.table(my_data, file=output, row.names=FALSE, col.names=FALSE)

后来，我写了一个bash脚本：

#!/bin/bash

for file in input/*.h5; do 
    [ -f "$file" ] || continue
    beg="${file%%.*}";
    Rscript test.R "$file" "$beg".txt
done

这对我来说很有效！