R图中的标绘函数

Question

我使用字形R来可视化化合物。在这种方法中，节点对应于原子，边对应于原子之间的键。这种表示的化学分子被称为分子图或H-耗尽图。例如，为了表示2-甲基丁烷，简称为2mb (碳骨架由五个原子组成的简单有机分子)，我使用以下R代码：

molecular.graph.2mb = graph.formula(1-2,2-3,3-4,2-5)

为了可视化这个分子图，我使用下面的矩阵m作为布局：

m = matrix(c(1,0,2,0,3,0,4,0,2,1), nrow=5, byrow=TRUE). 

这个矩阵包含我的图的顶点的坐标。然后我画出这个图：

plot(molecular.graph.2mb, layout=m). 

我得到了一个图，其中顶点2和5之间的几何距离大于v1和v2，v2和v3以及v3和v4之间的距离。

我的问题是:如何强制图R绘制所有几何距离都相等的图？

Answer 1

执行此操作的主要技巧是设置参数rescale=FALSE并调整xlim。单独这样做会使节点变得非常小，所以我还需要调整节点大小。我想这就是你要找的。

library(igraph)

## Your graph
molecular.graph.2mb = graph.formula(1-2,2-3,3-4,2-5)
m = matrix(c(1,0,2,0,3,0,4,0,2,1), nrow=5, byrow=TRUE)

## Modified plot
plot(molecular.graph.2mb, layout=m, rescale=FALSE,
    vertex.size=30, xlim=c(0.5,4.5))

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