解压缩，然后在linux中处理

Question

所以我有一个解压文件的脚本：

#!/bin/bash -e 
# will unzip the data without removing the zipped version
gzip -dc $1 > RawData/unzipped/$(basename $1 .gz)

然后我想在这个解压的文件上执行代码，我有

# will run fast qc on the argument passed
fastqc RawData/unzipped/$(basename $1 .gz) --outdir=fastReports/

但第二个脚本似乎从未执行过。(注意，这些都在同一个脚本中，所以我假设它会在第二个脚本之前执行第一个脚本)

拉链：

14624_1#10_1.fastq.gz  14624_1#12_2.fastq.gz  14624_1#4_1.fastq.gz  14624_1#7_1.fastq.gz
14624_1#10_2.fastq.gz  14624_1#1_2.fastq.gz   14624_1#4_2.fastq.gz  14624_1#7_2.fastq.gz
14624_1#11_1.fastq.gz  14624_1#2_1.fastq.gz   14624_1#5_1.fastq.gz  14624_1#8_1.fastq.gz
14624_1#11_2.fastq.gz  14624_1#2_2.fastq.gz   14624_1#5_2.fastq.gz  14624_1#8_2.fastq.gz
14624_1#1_1.fastq.gz   14624_1#3_1.fastq.gz   14624_1#6_1.fastq.gz  14624_1#9_1.fastq.gz
14624_1#12_1.fastq.gz  14624_1#3_2.fastq.gz   14624_1#6_2.fastq.gz  14624_1#9_2.fastq.gz

解压：

14624_1#10_1.fastq  14624_1#12_1.fastq  14624_1#3_1.fastq  14624_1#5_2.fastq  14624_1#8_1.fastq
14624_1#10_2.fastq  14624_1#12_2.fastq  14624_1#3_2.fastq  14624_1#6_1.fastq  14624_1#8_2.fastq
14624_1#11_1.fastq  14624_1#1_2.fastq   14624_1#4_1.fastq  14624_1#6_2.fastq  14624_1#9_1.fastq
14624_1#11_2.fastq  14624_1#2_1.fastq   14624_1#4_2.fastq  14624_1#7_1.fastq  14624_1#9_2.fastq
14624_1#1_1.fastq   14624_1#2_2.fastq   14624_1#5_1.fastq  14624_1#7_2.fastq

Answer 1

您可以只使用zcat并动态处理文件：

fastqc <(zcat path/to/file.gz)

顺便说一句，<()语法是一种Process Substitution。

如果您需要解压缩的文件和处理结果，则可以使用tee

fastqc <(zcat path/to/file.gz | tee file)