rjags错误ilogit的向量参数无效

Question

我想使用rjags来比较betareg回归和相同的回归。

library(betareg)
d = data.frame(p= sample(c(.1,.2,.3,.4),100, replace= TRUE),
               id = seq(1,100,1))

# I am looking to reproduce this regression with jags
b=betareg(p ~ id, data= d, 
          link = c("logit"), link.phi = NULL, type = c("ML"))
summary(b)

下面我试着用rjags做同样的回归。

#install.packages("rjags")
library(rjags)
jags_str = "
model {
#model

y ~ dbeta(alpha, beta)
alpha <- mu * phi
beta  <- (1-mu) * phi
logit(mu) <- a + b*id

#priors
a  ~ dnorm(0, .5)
b  ~ dnorm(0, .5)
t0 ~ dnorm(0, .5)
phi <- exp(t0)
}" 
id = d$id
y = d$p
model <- jags.model(textConnection(jags_str), 
                    data = list(y=y,id=id)
)
update(model, 10000, progress.bar="none"); # Burnin for 10000 samples
samp <- coda.samples(model, 
                     variable.names=c("mu"), 
                     n.iter=20000, progress.bar="none")

summary(samp)
plot(samp)

我在这一行得到一个错误

 model <- jags.model(textConnection(jags_str), 
                        data = list(y=y,id=id)
    )

Error in jags.model(textConnection(jags_str), data = list(y = y, id = id)) : 
  RUNTIME ERROR:
Invalid vector argument to ilogit

你能给我一些建议吗

(1)如何修复错误

(2)如何设置beta回归的先验

谢谢。

Answer 1

出现此错误的原因是您向标量函数logit提供了id向量。在Jags中，反向链接函数不能矢量化。要解决这个问题，需要使用for循环遍历id的每个元素。为此，我可能会在您的数据列表中添加一个额外的元素，表示id有多长。

d = data.frame(p= sample(c(.1,.2,.3,.4),100, replace= TRUE),
           id = seq(1,100,1), len_id = length(seq(1,100,1)))

在那里，你只需要对你的jags代码做一个小的编辑。

for(i in 1:(len_id)){
y[i] ~ dbeta(alpha[i], beta[i])
alpha[i] <- mu[i] * phi
beta[i]  <- (1-mu[i]) * phi
logit(mu[i]) <- a + b*id[i]
}

然而，如果你跟踪mu，它将是一个20000 (迭代次数)乘以100 (id长度)的矩阵。您可能对实际参数(a、b和phi)更感兴趣。