SimpleITK选择性改变像素/切片

Question

我已经把CT扫描加载到SimpleITK了。我想做一些在NumPy中非常简单的事情，但还没有想好如何在SimpleITK中做到这一点。为了提高速度，我想用SimpleITK来完成它们。

# NumPy: Changes all values of 100 to now become 500
nparr = nparr[nparr == 100] = 500

# SimpleITK:
???

SimpleITK image==100将生成相同尺寸的二进制图像，其中所有intensities==100都为1/True。这是我们想要的。但不幸的是，我不相信SimpleITK支持布尔索引。实现这一目标的最有效方法是什么？

我想出了这个看起来很时髦的东西；但我希望找到实现这一点的预期方法/最佳实践手段：

# Cast because data type returned is uint8 otherwise
difference = 500 - 100
offset = SimpleITK.Cast( image == 100), sitk.sitkInt32 ) * difference
image += offset

Answer 1

您可以使用BinaryTheshold过滤器。

结果= sitk.BinaryThreshold(图像，100,101,500，0)

这应该只选择强度为100的像素。

Answer 2

您正在使用SimpleITK图像对象，要以numpy样式使用它，您需要使用GetArrayFromImage和GetImageFromArray方法，然后通过将imagedata转换为numpy数组来获取像素访问。

import SimpleITK as sitk

difference = 500 - 100
img_arr = sitk.GetArrayFromImage(image)
offset =  img_arr[img_arr == 100] * difference
output = sitk.GetImageFromArray(image += offset)