有什么优雅的方法可以防止snakemake在shell/R错误中失败？

Question

我希望即使在某些规则失败的情况下，我的snakemake工作流也能继续运行。

例如，我正在使用各种工具来执行ChIP-seq数据的峰值调用。但是，当某些程序不能识别峰值时，它们会发出错误。我更喜欢在这种情况下创建一个空的输出文件，而不是让snakemake失败(就像一些峰值调用者已经做的那样)。

有没有一种使用"shell“和"run”关键字的类似蛇的方式来处理这种情况？

谢谢

Answer 1

对于shell命令，您始终可以利用条件"or“、||

rule some_rule:
    output:
        "outfile"
    shell:
        """
        command_that_errors || true
        """

# or...

rule some_rule:
    output:
        "outfile"
    run:
        shell("command_that_errors || true")

通常，退出代码为零(0)表示成功，任何非零都表示失败。包含|| true可确保在命令以非零退出代码退出时成功退出(true始终返回0)。

如果您需要允许特定的非零退出代码，您可以使用shell或Python来检查代码。对于Python，它将类似于以下内容。由于使用了shlex.split()模块，因此外壳命令不需要作为参数数组传递。

import shlex

rule some_rule:
    output:
        "outfile"
    run:
        try:
           proc_output = subprocess.check_output(shlex.split("command_that_errors {output}"), shell=True)                       
        # an exception is raised by check_output() for non-zero exit codes (usually returned to indicate failure)
        except subprocess.CalledProcessError as exc: 
            if exc.returncode == 2: # 2 is an allowed exit code
                # this exit code is OK
                pass
            else:
                # for all others, re-raise the exception
                raise

在shell脚本中：

rule some_rule:
    output:
        "outfile"
    run:
        shell("command_that_errors {output} || rc=$?; if [[ $rc == 2 ]]; then exit 0; else exit $?; fi")