加载rgdal时出错

Question

我已经成功地安装了rgdal包以及依赖项GDAL和Proj4。安装完成后，我使用library函数成功地在R中加载了这个包。然而，在我最近一次登录之后，当我键入命令library(rgdal)时，我得到了一条错误消息：

Error: package or namespace load failed for 'rgdal' in dyn.load(file, 
DLLpath = DLLpath, ...):
unable to load shared object '/home/nikhail1/R/x86_64-pc-linux-gnu-
library/3.4/rgdal/libs/rgdal.so':
libgdal.so.20: cannot open shared object file: No such file or directory

我理解这意味着没有指向libgdal文件的链接，但我不确定如何修复它。libgdal.so.20位于系统中的/home/nikhail1/bin/gdal/lib/下。rgdal.so文件位于my /home/nikhail1/ system中R库的rgdal文件夹下。我没有在共享库上执行ldconfig函数的权限(我是新手)。有没有人有一个函数可以帮助我让系统识别到libgdal.so.20的路径。我在Linux CentOs 6.9系统上工作。我不能执行任何sudo apt-get、yum或brew函数。

非常感谢，尼基尔

Answer 1

您可以将LD_LIBRARY_PATH设置为包含/home/nikhail1/bin/gdal/lib，即在bash中

export LD_LIBRARY_PATH="/home/nikhail1/bin/gdal/lib:$LD_LIBRARY_PATH"
ldd /home/nikhail1/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/rgdal/libs/rgdal.so

应报告已找到libgdal.so.20。如何使其持久化取决于您的桌面环境。

Answer 2

为了在R中运行rgdal函数，我经历了相当多的gdal，rgdal和它们的适当设置。目前我的防弹例程如下：

卸载GDAL

sudo apt-get remove gdal-bin 

卸载包含依赖包的gdal bin

如果你想从Ubuntu中删除不再需要的gdal bin和它的依赖包，

sudo apt-get remove --auto-remove gdal-bin 

使用清除gdal bin如果使用with purge options来打包所有配置和依赖包，则会删除所有配置和依赖包。

sudo apt-get purge gdal-bin 

如果你使用清除选项和自动删除，将会删除所有关于软件包的东西，当你想要重新安装时它真的很有用。

sudo apt-get purge --auto-remove gdal-bin 

只是为了确认一下，如果您已经多次尝试安装它，但都失败了，那么请按顺序运行所有这些。

安装GDAL

sudo apt-get update
sudo apt-get install gdal-bin proj-bin libgdal-dev libproj-dev -y

安装RGDAL

在R中：

install.packages('rgeos', type='source')

install.packages('rgdal', type='source')

现在一切都应该顺利加载和运行了。