Rscript optparse ggplot

Question

我已经设置了一个Rscript来从命令行解析选项。它可以很好地解析文件名，但是当我尝试通过命令解析指定要在x轴或y轴上绘制什么内容时，它无法识别我正在尝试绘制的字段。下面是Rscript

#!/usr/bin/Rscript --vanilla
library(ggplot2)
library("optparse")

option_list = list(
  make_option(c("-f", "--file"), type="character", default=NULL,
              help="dataset file name", metavar="character"),
  make_option(c("-o", "--out"), type="character", default="out.txt",
              help="output file name [default= %default]", metavar="character"),
  make_option(c("-x", "--x_axis"), type="character", default="name",
              help="x axis value [default= %default]", metavar="character"),
  make_option(c("-y", "--y_axis"), type="character", default="score",
              help="y axis value [default= %default]", metavar="character")
);

opt_parser = OptionParser(option_list=option_list);
opt = parse_args(opt_parser);

data <- read.table(opt$file, header=TRUE)
p <- ggplot( data, aes( x=factor( opt$x_axis), opt$y_axis))

p + geom_boxplot()

以下是数据文件：

character name score
A  54      3.589543
B  54      3.741945
C  60      3.585833
D  60      3.655622

下面是命令行：

./boxplot.R -f "file.txt“-o "test.png”-x "name“-y "score”

Answer 1

这不是你的optparse的问题，而是ggplot2的延迟评估在咬你。

这里有一个解决办法:使用从optparse获得的“带引号的字符串”，将数据子集到一个新的(临时) data.frame中，然后从中绘制。例如，使用这三行：

data <- read.table(opt$file, header=TRUE)
newdata <- data.frame(x=as.factor(dataset[, opt$x_axis]),
                      y=dataset[,opt$y_axis])
p <- ggplot( newdata, aes(x=x, y=y))

这样，我就得到了所需的图，如下所示。哦，不管怎么说，我觉得docopt比optparse好多了。

​

​