从R中的runjags对象中删除链

Question

我有一个runjags对象，它有两个混合非常好的链(链1和链3)，而另一个链没有混合(链2)。如何将runjags对象修剪为只包含链1和链3？

这是一个使用runjags生成JAGS模型的可重复示例(尽管这里的链混合得很好)。

library(runjags)

#generate the data
x <- seq(1,10, by = 0.1)
y <- x + rnorm(length(x))

#write a jags model
j.model = "
model{
#this is the model loop.
for(i in 1:N){
y[i] ~dnorm(y.hat[i], tau)
y.hat[i] <- m*x[i]
}

#priors
m ~ dnorm(0, .0001)
tau <- pow(sigma, -2)
sigma ~ dunif(0, 100)
}
"

#put data in a list.
data = list(y=y, x=x, N=length(y))

#run the jags model.
jags.out <- run.jags(j.model,
                     data = data,
                     n.chains=3,
                     monitor=c('m'))

实现此目的的一种方法是将runjags对象转换为mcmc.list，然后使用以下代码删除链：

trim.jags <- as.mcmc.list(jags.out)
trim.jags <- mcmc.list(trim.jags[[1]], trimjags[[3]])

但是，一旦在此方向上转换，数据就不能再放回runjags格式。我真的很想要一个保持runjags格式输出的解决方案，因为我当前的工作流程依赖于runjags摘要输出生成的格式。

Answer 1

看一下divide.jags函数(诚然，命名不是很明显)：

jags_13 <- divide.jags(jags.out, which.chains=c(1,3))                     
jags_13
extend.jags(jags_13)
# etc

希望这能做你想要的。

哑光