更正了SLURM提交中将命令输出转义为变量的错误

Question

我有一个主脚本，它使用标准SLURM提交提交脚本，如下所示：

                    cat > $jobfile <<EOF
    #!/bin/bash
    # auto-generated job file
    # generated from $PWD/$0
    # on ${DATE}
    #SBATCH --job-name=PAINTOR_${UIDN}_${ETH}_JOB
    #SBATCH --ntasks=1                          ##Number of PROCESSES
    #SBATCH --cpus-per-task=1                   ##Number of PROCESSES
    #SBATCH --mem-per-cpu=5000                  ##Memory specified for each core used (in MB) (no cores, use --mem=)
    #SBATCH -t 2-02:00:00                       ##Runtime in D-HH:MM:SS
    #SBATCH --share
    #SBATCH --partition=medium                  ## express(2h), short(12h), medium(2d2h), long(6d6h), interactive(2h)
    #
    #SBATCH --mail-user=${USER}@uab.edu
    #SBATCH --mail-type=ALL                     ## BEGIN, END, ERROR, ALL
    #
    #SBATCH --error=${LOG_DIR}/%j.%N.err.txt               ##File to which STDERR will be written
    #SBATCH --output=${LOG_DIR}/%j.%N.out.txt              ## File to which STDOUT will be written

运行时，主脚本的这一部分

LNGTH=`awk '{print NF}' ${TARG}/${UIDN}.annotations | tail -1`
        for NUM in \$( eval "echo {1..\$LNGTH}"); do
                ANNOT_COL=`head -1 ${TARG}/${UIDN}.annotations | awk -v NUM=\$NUM '{print \$NUM}'`
                if [ ! -f ${TEMP_DIR}/${UIDN}/Gname.Enrich.\$ANNOT_COL ]; then
                        $PAINTOR -input ${TARG}/input.files \
-Zhead ZSCORE.AFR,ZSCORE.EAS,ZSCORE.AFR \
-LDname AFR.LD,EAS.LD,EUR.LD \
-in ${TARG}/ \
-out $TEMP_DIR/${UIDN}/ \
-enumerate 2 \
-annotations \$ANNOT_COL \
-Gname Gname.Enrich.\$ANNOT_COL \
-Lname Lname.BF.\$ANNOT_COL
                fi
        done

将从脚本打印为：

LNGTH=8134
    for NUM in $( eval "echo {1..$LNGTH}"); do
            ANNOT_COL=E001_15_coreMarks_mnemonics.bed.10_TssBiv.ES-I3_Cell_Line E001_15_coreMarks_mnemonics.bed.11_BivFlnk.ES-I3_Cell_Line E001_15_coreMarks_mnemonics.bed.12_EnhBiv.ES-I3_$
            if [ ! -f /data/scratch/vlaufer/PAINTOR3/temp/CLEAR_Okada_21_43755067_43955067/Gname.Enrich.$ANNOT_COL ]; then
                    /data/scratch/vlaufer/PAINTOR3/PAINTOR_V3.0/PAINTOR -input /data/scratch/vlaufer/PAINTOR3/Prepped_Input_Files/CLEAR_Okada_21_43755067_43955067/input.files -Zhead ZSCOR$
            fi
    done

其中大部分似乎是有效的，我相信失败的行是包含ANNOT_COL=的行。该行应仅打印与值等于$NUM的列对应的注释(即，如果$NUM为10，则应打印文件${TARG}/${UIDN}.annotations的第一行的第10列，而不是所有列。让我特别困惑的是，LNGTH=行似乎可以工作，并且具有非常相似的语法。

我怀疑问题出在转义字符上，但我不确定。

Answer 1

我修改了有问题的部分，现在是：

read -a ANNOT < ${TARG}/${UIDN}.annotations
for ANNOT_COL in "\${ANNOT[@]}"; do
        if [ ! -f ${TEMP_DIR}/${UIDN}/Gname.Enrich.\$ANNOT_COL ]; then
                echo "now generating marginal distribution for \$ANNOT_COL"
                $PAINTOR -input ${TARG}/input.files \\

LNGTH和NUM变量已被删除，该脚本现在直接迭代${TARG}/${UIDN}.annotations文件头。