json API数据抽取

Question

我在从json API中提取数据时遇到了问题。我在试着用"Total_allele_count“我可以从API中提取其他数据，但是当涉及到"exac“数据时，它就不起作用了。

 "alterations" : [
      {
         "Gene_position" : "3164,,,",
         "exac" : {
            "close_matches" : [],
            "exact_matches" : [
               {
                  "exac_allele" : [
                     {
                        "West_allele_count" : 0,
                        "Total_allele_count" : "52413,1",
                        "Male_allele_count" : "11142,0"

这就是它失败的地方。我是不是看多了？

row = alter(data, 'exac', 'Total_allele_count', row)

我的方法

def alter(source, org, allele, fileRow):
    try:
        toAppend = [int(x) for x in source['alterations'][0][org]['exact_matches'][0][allele].split('/')]
        #fileRow.append(str(len(toAppend)))
        fileRow.append(toAppend[1]/sum(toAppend))
    except:
        fileRow.append('N/A')
    return fileRow    

Answer 1

诀窍是编写一个执行错误报告的查找函数，这样您就知道您没有错过一个级别。类似于：

def lookup(json, *path):
    if not path:
        return json

    first = path[0]
    rest = path[1:]

    try:
        sub_json = json[first]
    except (TypeError, LookupError) as e:
        raise ValueError("Failed to look up %r in %s" % (first, json))
    return lookup(sub_json, *rest)

然后，您可以将alter实现为：

def alter(source, org, allele, fileRow):
    value = lookup(source, 'alterations', 0, org, 'exact_matches', 0, allele)
    try:
        toAppend = value.split('/')
        fileRow.append(toAppend[1]/sum(toAppend))
    except:
        fileRow.append('N/A')
    return fileRow    

以上内容，并关闭您的数据：

data = { "alterations" : [
      {
         "Gene_position" : "3164,,,",
         "exac" : {
            "close_matches" : [],
            "exact_matches" : [
               {
                  "exac_allele" : [
                     {
                        "West_allele_count" : 0,
                        "Total_allele_count" : "52413,1",
                        "Male_allele_count" : "11142,0"
                        }]}]}}]}

我们可以调用alter

alter(data, 'exac', 'Total_allele_count', '')

并获取以下回溯：

Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 35, in <module>
  File "<stdin>", line 32, in alter
  File "<stdin>", line 27, in lookup
  File "<stdin>", line 27, in lookup
  File "<stdin>", line 27, in lookup
  File "<stdin>", line 27, in lookup
  File "<stdin>", line 27, in lookup
  File "<stdin>", line 26, in lookup
ValueError: Failed to look up 'Total_allele_count' in {'exac_allele': [{'Total_allele_count': '52413,1', 'Male_allele_count': '11142,0', 'West_allele_count': 0}]}

这告诉我们

lookup(source, 'alterations', 0, org, 'exact_matches', 0, allele)

缺少一个级别，在最后一个级别之前，它应该是：

lookup(source, 'alterations', 0, org, 'exact_matches', 0, 'exac_allele', allele)

运行该命令，我们会得到以下异常：

ValueError: Failed to look up 'Total_allele_count' in [{'Total_allele_count': '52413,1', 'Male_allele_count': '11142,0', 'West_allele_count': 0}]

如果仔细观察，值是一个列表，键是一个字符串，所以最终的解决方案是：

lookup(source, 'alterations', 0, org, 'exact_matches', 0, 'exac_allele', 0, allele)

Answer 2

这样如何：

toAppend = [int(x) for x in source['alterations'][0][org]['exact_matches'][0]['exac_allele'][0][allele].split('/')]

(我猜这只是一个直接的缺陷/错误，并不是真的误解了json结构)

您还应该删除空的，除非(在注释中@thebjorn elludes to )，因为它可能掩盖了这个错误(可能还有其他错误)。