specutils fit_generic_continuum在Spectrum1D上使用时提供TypeError

Question

我正在尝试将一个通用的连续体拟合到我的光谱中，以对其进行归一化(我知道对于复杂的光谱，这不是一个很好的方法，但是在Python中似乎找不到一个很好的连续体归一化例程，所以如果你知道一个，请告诉我！)。

这是我的代码。W是波长数组，f是通量数组(只是导入的数据)：

from astropy.modeling import models
from astropy import units as u

from specutils import Spectrum1D, SpectralRegion
from specutils.fitting import fit_generic_continuum

spectrum = Spectrum1D(spectral_axis=w*u.Angstrom, flux=f*u.Jy)

g1_fit = fit_generic_continuum(spectrum)

f_continuum_fitted = g1_fit(w*u.Angstrom)

spec_normalized = spectrum / f_continuum_fitted

现在，在我最近更新astropy和specutils之前，这是可行的。但现在，我突然在g1_fit = fit_generic_continuum(spectrum)生产线上得到了一个TypeError: 'int' object is not callable。我尝试过卸载和重新安装specutils，但仍然得到相同的错误。我还试着将spectrum重命名为其他名称。

在fit_generic_continuum的更新中有什么新的东西吗，或者我错过了什么？

提前谢谢你！

我正在使用astropy版本4.0.1和specutils版本0.6

完全错误：

---------------------------------------------------------------------------
TypeError                                 Traceback (most recent call last)
<ipython-input-4-b277c08fb857> in <module>
     14 spectrum = Spectrum1D(spectral_axis=w*u.Angstrom, flux=f*u.Jy)
     15 
---> 16 g1_fit = fit_generic_continuum(spectrum)
     17 
     18 f_continuum_fitted = g1_fit(w*u.Angstrom)

/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/specutils/fitting/continuum.py in fit_generic_continuum(spectrum, median_window, model, fitter, exclude_regions, weights)
     55     #
     56 
---> 57     return fit_continuum(spectrum_smoothed, model, fitter, exclude_regions, weights)
     58 
     59 

/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/specutils/fitting/continuum.py in fit_continuum(spectrum, model, fitter, exclude_regions, window, weights)
     95     #
     96 
---> 97     continuum_spectrum = fit_lines(spectrum, model, fitter, exclude_regions, weights)
     98 
     99     return continuum_spectrum

/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/specutils/fitting/fitmodels.py in fit_lines(spectrum, model, fitter, exclude_regions, weights, window, **kwargs)
    358         fit_model = _fit_lines(spectrum, model_guess, fitter,
    359                                exclude_regions, weights, model_window,
--> 360                                ignore_units, **kwargs)
    361 
    362         fitted_models.append(fit_model)

/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/specutils/fitting/fitmodels.py in _fit_lines(spectrum, model, fitter, exclude_regions, weights, window, ignore_units, **kwargs)
    474 
    475     model_unitless, dispersion_unitless, flux_unitless = \
--> 476         _strip_units_from_model(model, spectrum, convert=not ignore_units)
    477 
    478     #

/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/specutils/fitting/fitmodels.py in _strip_units_from_model(model_in, spectrum, convert)
    602     #
    603 
--> 604     compound_model = model_in.n_submodels() > 1
    605 
    606     if not compound_model:

TypeError: 'int' object is not callable

Answer 1

我对您的代码问题没有解决方案，但既然您要求提供规范化例程的建议，我可以提供帮助。我使用基于Python的linetools包。其中有一个例程"lt_continuumfit“，它很好地实现了连续体的规范化。这就是我现在用来标准化的所有东西。它非常容易安装和使用，还具有许多其他功能(rebin、速度图、拼接等)。https://linetools.readthedocs.io/en/latest/