如何将scipy树状图保存为高分辨率文件？

Question

我有一个矩阵，它有600个不同的标签。因此，它真的是一个很大的文件；当我创建一个图形来聚集我的数据时，我看不到这些标签。如何创建高分辨率文件并保存？

我已经试过下面的代码了。

import scipy.cluster.hierarchy as hcluster
import scipy.spatial.distance as ssd

SimMatrix = mainTable

distVec = ssd.squareform(SimMatrix)
linkage = hcluster.linkage(1 - distVec)
dendro  = hcluster.dendrogram(linkage, leaf_rotation=90., leaf_font_size=0.5,)

matplotlib.pyplot.savefig('plt.png', dpi=520, format='png', bbox_inches='tight')

我正在尝试获得大的高分辨率文件，它可以是png或jpeg。

我得到了下图作为图。

https://imgur.com/Iij1BdB

Answer 1

问题不在于你的分辨率，而在于图像的大小(或线条的大小)。由于我不知道如何更改树状图中的线宽，因此我将直接使用直接的解决方案来制作一个巨大的图像。

import scipy.cluster.hierarchy as hcluster
import scipy.spatial.distance as ssd
import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np

SimMatrix = np.random.random((600,600))
SimMatrix = SimMatrix+SimMatrix.T
SimMatrix = np.abs(SimMatrix-np.diag(np.diag(SimMatrix)))

distVec = ssd.squareform(SimMatrix)
linkage = hcluster.linkage(distVec) #Changed here do NOT C+P back
plt.figure(figsize=(150,150))
dendro  = hcluster.dendrogram(linkage, leaf_rotation=90., leaf_font_size=0.5,)

plt.savefig('plt.png', format='png', bbox_inches='tight')
plt.savefig('plt.jpg', format='jpg', bbox_inches='tight')

当我打开保存的图像时，它们看起来对我来说很糟糕，只有放大才能解决问题。但是jupyter笔记本中的内联图看起来不错，所以也许你只需要稍微调整一下格式。

这可能不是最好的解决方案，但对我来说它是有效的。希望其他更有能力的人也能给你提供正确的解决方案！

附注:不要试图用520DPI保存这些文件，否则会破坏pyplot。