从VTU文件中提取三角形ID

Question

我有一个pvtu文件和相关的vtu文件，我想要显示其中的一些数据。如果我在Paraview (5.6+)中加载pvtu，当我选择纯色(白色)和带边缘的表面时，我会得到以下图像：

网格明显是各向异性的，接近顶部边界，几乎是扁平的三角形；这是预期的行为。

如果我现在在Python中加载相同的pvtu并以以下方式显示网格，

import numpy
import matplotlib.pyplot as plt
import vtk
gridreader = vtk.vtkXMLPUnstructuredGridReader()
gridreader.SetFileName('whatever.pvtu')
gridreader.Update()
vtkOut = gridreader.GetOutput()
vtkData = vtkOut.GetPoints().GetData()
coords = numpy.array([vtkData.GetTuple3(x)
                      for x in range(vtkData.GetNumberOfTuples())])
plt.triplot(coords[:, 0], coords[:, 1])
plt.gcf().set_size_inches(16, 8)
plt.gca().set_aspect('equal')
plt.savefig('meshPython1.png', bbox_inches='tight')
plt.gca().set_xlim((5e5, 3e6))
plt.gca().set_ylim((6e5, 1e6))
plt.savefig('meshPython2.png', bbox_inches='tight')

我明白了：

你可以很容易地看到不存在各向异性。因此，我天真的问题是:如何用Python重现Paraview中显示的网格？然而，可能有一个更准确的问题。我完全知道matplotlib的三角化库接受三角形作为参数，但我找不到从pvtu中提取三角形的命令。因此，也许更好的问题是如何从pvtu文件中获取三角形？

感谢您的帮助。

Answer 1

你的问题是你没有使用matplotlib.tri的triangles选项。事实上，如果不在matplotlib中指定，ParaView中存在的网格的连接性就会丢失。事实上，你给了matplotlib一个自由来呈现它想要的任何单元格，当你知道你的三角形网格的连接性时，这显然是不正确的。可以使用以下命令提取三角形网格的连接性：

cell_connecitivty_matrix = []

for i in range(vtOut.GetNumberOfCells()):
 assert vtkOut.GetCell(i).GetNumberOfPoints() == 3
 cell_connecitivty_matrix.append(vtkOut.GetCell(i).GetPointIds())

cell_connecitivty_matrix = np.array(cell_connecitivty_matrix, dtype=np.float).reshape((vtOut.GetNumberOfCells(),3))

#plot triangles with their connectivity matrix

plt.triplot(coords[:, 0], coords[:, 1], triangles=cell_connectivity_matrix)

Answer 2

根据程序员的回答，下面的代码允许我实现与Paraview相同的网格：

import numpy
import matplotlib.pyplot as plt
import vtk
gridreader = vtk.vtkXMLPUnstructuredGridReader()
gridreader.SetFileName('whatever.pvtu')
gridreader.Update()
vtkOut = gridreader.GetOutput()
vtkData = vtkOut.GetPoints().GetData()
coords = numpy.array([vtkData.GetTuple3(x)
                      for x in range(vtkData.GetNumberOfTuples())])
cell_connectivity_matrix = []
for i in range(vtkOut.GetNumberOfCells()):
    assert vtkOut.GetCell(i).GetNumberOfPoints() == 3
    cell_connectivity_matrix.append(
        [vtkOut.GetCell(i).GetPointIds().GetId(j)
         for j in range(vtkOut.GetCell(i).GetPointIds().GetNumberOfIds())])
cell_connectivity_matrix = numpy.array(cell_connectivity_matrix,
                                       dtype=numpy.float)
plt.triplot(coords[:, 0], coords[:, 1], triangles=cell_connectivity_matrix)
plt.gcf().set_size_inches(16, 8)
plt.gca().set_aspect('equal')
plt.show()

将显示以下内容

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