如何使用带有结构的掩蔽来仅修改选定的原子？

Question

我想修改满足特定条件的原子的位置。

目前，我可以对所有原子或一个原子应用平移，但不能对多个选定的原子应用平移。

from pyiron import Project
pr = Project('test')
uc = pr.create_ase_bulk('Fe',cubic=True)
uc.set_repeat(2)
shift = [.1,.2,.3]
uc.positions

例如，我想只平移Z坐标小于1的原子：

uc[uc.positions[:,2] < 1].positions += shift
uc.positions

它既不移动原子，也不返回任何错误。

但是，只翻译一个原子或所有原子都可以正常工作。

uc.positions += shift
uc.positions

uc[0].position += shift
uc[0]

Answer 1

这个应该行得通：

uc.positions[uc.positions[:,2] < 1] += shift

原则上，当您使用positions、cell等时，使用属性的setter/getter (而不是Atoms的setter/getter )总是更安全的。我个人只使用Atoms的setter来更改原子物种，例如uc[0] = 'Ni'。