RDKIT:合并/添加粒子

Question

我有一个大环和共价有机笼子的数据库，我希望在其中添加一个分子/离子到空腔中。我需要通过RDKIT完成此操作。有没有简单的方法来完成这项任务？

例如：

from rdkit import AllChem

guest = [x_value, y_value, z_value]
cage = AllChem.MolFromMolFile('cage_file.mol')

cage_guest = cage+guest (along the lines of)

然后，我希望能够以通常的方式操作cage_guest。

Answer 1

我认为这在rdkit中是不可能的。您应该看看stk，它使用rdkit来构建有机笼子。Here似乎就是您所需要的系统。