加权GEE模型秩不足时的(MuMIn)挖掘

Question

我试图在符合GEE的边缘模型之间进行正向模型选择，使用准Akaike标准(QIC)作为选择标准。然而，当我使用MuMIn包中的dredge函数时，我的全局模型是秩不足的。

在this question上，通过“欺骗”MuMIn解决了类似的问题。这是通过拟合一个较小的全局模型来实现的，更新该模型的公式参数，并使用该模型。但是，在使用wgeesel包中的wgee()函数时，我不能让它工作。

这里是使用IMPS纵向数据集的R中的一个可重现的示例。

####Example1
data(imps)
library(wgeesel)
imps.complete <- na.omit(imps)
imps.complete$repd<-imps.complete$Drug #repeat a column to make model rank-deficient
fit <- wgee(IMPS79 ~ Drug+Sex+Time+repd, data=imps.complete, 
            id=imps.complete$ID, family="gaussian",
            corstr="exchangeable", scale=NULL)

gee.min <- wgee(IMPS79 ~ Drug+Sex+Time, data=imps.complete, 
                id=imps.complete$ID, family="gaussian",
                corstr="exchangeable", scale=NULL) #this model can be fit
gee.min$model #IMPS79 ~ Drug + Sex + Time
gee.min$model <- IMPS79 ~ Drug + Sex + Time + repd #update model argument

#try the solution from other stackoverflow page. doesn't work
options(na.action=na.fail)
gee.retry <- model.sel(lapply(
  dredge(gee.min,fixed=c("Drug","Sex"),rank="QIC",evaluate=FALSE),
  eval),rank="QIC")  

# note that the call argument cannot be updated
gee.min$call <- wgee(model = IMPS79 ~ Drug + Sex + Time + repd, data = imps.complete, 
                     id = imps.complete$ID, family = "gaussian", corstr = "exchangeable", 
                     scale = NULL)

我得到的错误代码是"Error in QIC(global.model)：模型矩阵秩不足；geeglm无法继续“。我猜dredge正在尝试在全局模型上评估QIC，这是它做不到的

任何帮助都将不胜感激！我正在许多不同的模型上做类似的过程，并希望我的方法是可重现的，所以我正在寻找某种自动的方式来使用QIC进行前向模型选择。

Answer 1

我不能使用MuMIn包解决这个问题。

然而，我发现了一个变通方法，使用Peter DeWitt在GitHub上发布的pstools包。他有一个名为gee_stepper的方便函数，可以使用QIC执行正向模型选择，并在运行过程中输出结果。在对函数进行了一些小的编辑之后，我就可以使用它了：

(1)将正在使用的QIC更改为根据MuMIn包计算的实际QIC；gee_stepper似乎使用了MESS包中的准似然值

(2)使函数使用用户指定的最小模型，例如，总是包括某些协变量，而不是使用仅截取的模型作为最小模型。