如何从pairwise.wilcox.test中绘制结果？

Question

我想画一个通过成对比较生成的p.values的气泡/圆圈图。目标是能够直观地确定哪些比较是有意义的p< .05

例如，类似于从corrplot生成的那个。我认为这个问题是因为它生成的表不完整，因为它缺乏完整的表。例如，对于5月到9月的比较，表如下所示。这是我尝试用corrplot绘制的图吗？

 library ( corrplot)
    attach(airquality)
    Month <- factor(Month, labels = month.abb[5:9])
    ## These give warnings because of ties :

    test = pairwise.wilcox.test(Ozone, Month, p.adj = "bonf")
    detach()

    corrplot(as.matrix (test$p.value), 
p.mat = as.matrix (test$p.value) ,  is.corr = FALSE, method = "circle", mar = c(1, 1, 2, 0) )

成对生成的表如下所示。

> test$p.value
            May       Jun         Jul        Aug
Jun 1.000000000        NA          NA         NA
Jul 0.000299639 0.1413625          NA         NA
Aug 0.001208078 0.2590776 1.000000000         NA
Sep 1.000000000 1.0000000 0.007442604 0.03247955

有没有一种类似于corrplot的方法？或者任何其他只显示显着比较的方式都是很好的。

谢谢!

Answer 1

正如@dcarlson评论的那样，您的主要问题是重要的p值很小，这与corrplot的预期相反。

因此，一个相当简单的技巧是转换p值，以便更大的值对应于更重要的值。一种常用的方法是取log的负值(这很有效，因为所有的p值都小于1，所以所有的log(p值)都是负的)。

my_transformed_pvals=-log10(test$p.value)
corrplot(as.matrix(my_transformed_pvals),is.corr=F)

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