如何在edgeR中过滤DGEList中的样本

Question

我正在尝试过滤在edgeR中创建的DGEList对象中的样本，该对象是由我称为“架构”的属性创建的。

$samples看起来像这样：

$samples
              group lib.size norm.factors architecture
15-AM_p_ap        1 36252192            1            p
15-LM-11_p_mi     1 34394164            1            p
15-LM-14_p_mi     1 37147178            1            p
15-LM-19_p_up     1 39236017            1            p
15-LM-2_p_lo      1 36543297            1            p
68 more rows ...

我想对列表进行子集设置，以排除体系结构名称为"w“的样本。我已经尝试了比我记忆中更多的东西，最新的是：

y.subset <- y[which(!y$samples$architecture == "w"),]

我如何才能做到这一点呢？

谢谢!

Answer 1

更改逗号的位置，以便将条件应用于数据框的列，如下所示：

y.subset <- y[,which(!y$samples$architecture == "w")]

因为这里的目标是过滤y$counts对象的列，这些列反映为y$samples的行。