系统发育分析软件(BAMM)错误消息告诉我，我的系统发育具有非正分支长度。我对此进行了更改，但错误仍然存在

Question

我的系统发展史来自一份出版物，是BEAST的共识树，众所周知，BEAST引入了非正分支长度。我已经检查了"-“和"0”的系统发展史，它应该揭示非正的分支长度，并发现了一个零长度的分支，我将其更改为0.0000001。然而，这似乎并没有解决我的问题。是否有一个功能来检查给定的系统发展史，例如检查这样的分支长度并改变它们，检查单例，等等。树是完全分叉的，所以我不需要再次检查。

Answer 1

如果没有一个可重复的例子，很难判断你的问题实际上源于哪里，但根据你所说的，问题可能来自于添加0.0000001，这使得树不再是超度量( +0.0000001分支的所有后代都比其他分支更长)。您可以尝试使用dispRity::remove.zero.brlen函数来解决此问题：

library(ape)
library(dispRity)
## Creating a random ultrametric tree
set.seed(1)
tree <- ape::rcoal(10)

## Introducing a zero branch length
tree$edge.length[17] <- tree$edge.length[17] + tree$edge.length[15]
tree$edge.length[16] <- tree$edge.length[16] + tree$edge.length[15]
tree$edge.length[15] <- 0

## Checking ultrametricity
ape::is.ultrametric(tree)
# [1] TRUE

## Checking zero branch lengths
any(tree$edge.length == 0)
# [1] TRUE

您正在使用的方法删除了树的超度量属性：

## Adding a really small branch length (does not conserve ultrametricity)
tree_bad <- tree
tree_bad$edge.length[15] <- 0.0000001

## Checking ultrametricity
ape::is.ultrametric(tree_bad)
# [1] FALSE

## Checking zero branch lengths
any(tree_bad$edge.length == 0)
# [1] FALSE

您可以改用dispRity::remove.zero.brlen，它增加了最小分支长度的1%，但保留了树的属性：

tree_good <- tree

## Removing zero branch lengths
tree_good <- dispRity::remove.zero.brlen(tree_good)

## Checking ultrametricity
ape::is.ultrametric(tree_good)
# [1] TRUE

## Checking zero branch lengths
any(tree_good$edge.length == 0)
# [1] FALSE