R函数，用于选择2个文件名相似的文件

Question

我正在尝试匹配具有相似文件名的文件，以将其用作函数的输入。例如，如果目录中的文件名为：

atac.macaque.R1.fastq.gz
atac.macaque.R2.fastq.gz
atac.human.R1.fastq.gz
atac.human.R2.fastq.gz 

是否有一个函数可以识别atac.macaque.R1.fastq.gz和atac.macaque.R2.fastq.gz是成对的，并且应该分别作为x和y输入到将读取这些文件的函数中？

我希望找到一个函数，它可以迭代目录中的所有文件对(它们都以不同的名称开头，例如atac.human和atac.macaque)，然后应用于我使用的文件读取函数。

Answer 1

每个文件都会有一对吗？如果是，那么您可以获得文件路径的向量，并在对名称进行排序后将它们放入矩阵中。

x <- sort(list.files('/path/to/directory', pattern = "\\.gz$"))
mat <- matrix(x, ncol = 2)
mat

#     [,1]                     [,2]                      
#[1,] "atac.human.R1.fastq.gz" "atac.macaque.R1.fastq.gz"
#[2,] "atac.human.R2.fastq.gz" "atac.macaque.R2.fastq.gz"

现在，每一列都是一对，如果你有一些以这两个文件为参数的函数，你可以使用apply逐列地将这些函数应用于每一对。

some_func <- function(x, y) #does some thing with x & y
apply(mat, 2, some_func)