在使用Biopython时: NameError:名称'pubmed_id‘没有定义，尽管之前已经定义了它？

Question

所以我试着从NCBI检索一些数据。我之前写的代码是由一个更有经验的程序员重写的，但它没有以我想要的格式返回结果，所以我做了一些修改/添加：

for plant, disease in plant_disease_list:
    search_query = generate_search_query(plant, disease)
    handle1 = Entrez.esearch(db="pmc", term=search_query, retmax="10")
    record1 = Entrez.read(handle1)
    pubmed_ids = record1.get("IdList")
    if pubmed_id in pubmed_ids=="":
     print("Plant: {} Disease: {} PubmedID: DOI:".format(plant, disease))
    else:

     for pubmed_id in pubmed_ids:
       handle2 = Entrez.esummary(db="pmc", id=pubmed_id)
       records = Entrez.read(handle2)
       for record in records:
          doi = record.get("DOI")
          print("Plant: {} Disease: {} PubmedID: {} DOI: http://doi.org/{}".format(plant, disease, pubmed_id, doi))

其中plant_disease_list是先前定义的列表。唯一的问题是，使用下面的代码，我得到了错误：

Traceback (most recent call last):
  File "scraperscript_python.py", line 28, in <module>
    if pubmed_id in pubmed_ids=="":
NameError: name 'pubmed_id' is not defined

如果我删除if/else循环，并返回到常规的嵌套for循环，我不会得到语法错误，但是代码不会打印我想要的数据，也就是说，它只打印那些找到PMID的植物-病害对的数据。知道我可能做错了什么吗？

Answer 1

在'if pubmed_id in pubmed_ids=="":‘的位置尝试一下

for plumbed_id in plumbed_ids:
      if plumbed_id == "":
           print("Plant: {} Disease: {} PubmedID: DOI:".format(plant, disease))
else:
    your code here..

Answer 2

当您第一次遇到语句if pubmed_id in pubmed_ids=="":时，它并没有定义。

只有在之后，当pubmed_ids上的循环至少执行一次时，pubmed_id才会有值。

此外，if pubmed_id in pubmed_ids=="":是无意义的。