hdf5r查找libhdf5_hl.so.100文件时出现问题

Question

我试图正确地加载R包hdf5r，实际上我想使用hdf5r的依赖项，但是我遇到了hdf5r包的问题。我已经安装了hdf5r包，安装过程中没有出现错误。但是当我加载这个包时，我得到了以下错误：

> library(hdf5r)
Error: package or namespace load failed for ‘hdf5r’ in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...):
 unable to load shared object '/usr/lib64/R/library/hdf5r/libs/hdf5r.so':
  libhdf5_hl.so.100: cannot open shared object file: No such file or directory

我已经检查了/usr/lib64/R/library/hdf5r/libs/hdf5r.so和libhdf5_hl.so.100文件都存在于我的系统中。我将源代码中的本地包安装到/usr/ hdf5，并将路径/usr/local/lib添加到我的/usr/lib64/R/etc/Renviron文件中的LD_LIBRARY_PATH变量中

> Sys.getenv("LD_LIBRARY_PATH")
[1] "/usr/local/lib"

我使用的是RedHat 7机器。

Answer 1

我也遇到了同样的问题，hdf5r可以加载到终端R中，但是不能加载到rstudio-server中。

在加载hdf5r包之前，将库主要加载到r中

dyn.load('<your hdf5r lib path>/libhdf5_hl.so.100')
library(hdf5r)