ComplexHeatmap包中切片的顺序

Question

我在R中使用ComplexHeatmap包，并按k均值聚类(行和列)拆分我的热图。行的聚类效果很好。对于列，我得到了一个4列集群(对照)和一个8列集群(处理)，这是很好的。但是，对于某些热图，控件幻灯片位于右侧，而对于某些热图，控件幻灯片位于左侧。我想统一排序(控制向左，处理向右)。当我使用column_split函数重新排列切片时，我得到了3个簇，而不是2个簇。我如何解决这个问题？提前谢谢你。

Heatmap(mat, name = "mat", border=TRUE, rect_gp =gpar(col="white", lwd=1),
column_km = 2, row_km = 2, row_km_repeats = 100, column_km_repeats = 100,
show_parent_dend_line = FALSE,
column_split = factor(c(rep("A",8),rep("B",4)), levels = c("B","A")))

Answer 1

好吧，我想出了一个主意，这不是一个直接的解决方案。

我没有使用默认的k均值分区，而是给column_split分配了一个分区向量。

pa = cluster::pam(t(mat), k = 2)

Heatmap(mat, name = "mat", border=TRUE, rect_gp =gpar(col="white", lwd=1),
row_km = 2, row_km_repeats = 100, show_parent_dend_line = FALSE,
column_split = paste("pam", pa$clustering))

我仍然希望有其他的解决方案。