为什么在导入scanpy._compat时出现错误？

Question

嗨，我是新来的，所以很抱歉我的语言可能会导致不准确。我正在使用一个安装了scanpy的conda环境。但是，当我导入模块scanpy._compat时，它返回一个导入错误：

from scanpy._compat import Literal

ModuleNotFoundError: No module named 'scanpy._compat'

我尝试升级scanpy：pip install --upgrade scanpy，我还按照scanpy github (https://github.com/theislab/scanpy/blob/master/docs/installation.rst)上提供的安装步骤创建了另一个conda环境。在后两种情况下，除了导入scanpy._compat模块之外，一切都运行正常。

有人知道我是不是做错了什么吗？

Answer 1

在_compat.py中，您将注意到提供了以下代码：

首先：

try:
    from typing import Literal

对于例外情况：

except ImportError:
    try:
        from typing_extensions import Literal
    except ImportError:

        class LiteralMeta(type):
            def __getitem__(cls, values):
                if not isinstance(values, tuple):
                    values = (values,)
                return type('Literal_', (Literal,), dict(__args__=values))

        class Literal(metaclass=LiteralMeta):
            pass

因此，当您尝试使用import Literal时，您也可以通过简单的importing typing和typing.Literal (python版本>3.8 )来绕过这个问题，无论您想要将代码应用于哪种情况。

然而，这个问题表明scanpy根本不能导入。确保在安装环境后也将其激活：

$ conda info --envs可以找到可用的环境名称，$ conda activate [relevant env name]可以激活相关的conda环境。

然后重试该代码：

进入pythoninterpreter解释器的$ python

> from scanpy._compat import Literal以测试导入是否正常工作。