在R中使用circlize的大间隙和小间隙

Question

我如何对类别进行分组，使它们在使用R中的circlize包生成的和弦图中出现较大的间隙？

例如，给定以下邻接矩阵：

  A B    C   D  E F    G   H
A 0 0    0   0  0 0 1168   0
B 0 0 2545 278  0 0    0 337
C 0 0    0 817  0 0    0   0
D 0 0    0   0 10 0    0   0
E 0 0    0   0  0 0    0   0
F 0 0    0   0  0 0    0   0
G 0 0  561 326  0 0    0 281
H 0 0   46   8  0 0    0   0

我想创建三个组{A}，{B，C}和{D，E，F，G，H}，以便在使用chordDiagram()时，其参数small.gap在组内的段之间使用，big.gap在组之间使用。

请注意，这是将在生产中每天运行的代码，我不能保证所有类别之间都会发生移动。在上面的示例中，没有发生从类别F到类别F的移动，导致它在输出中被省略。使用gap.after我硬编码了所需的结果(见下图)，但这不是一个可行的解决方案，因为我不知道将绘制哪些类别。我也希望解决方案不依赖于矩阵中列和行的顺序。

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Answer 1

在即将到来的0.4.10版本中，circlize将支持命名向量作为gap.after的输入。它已经在主分支中，所以在R中拉出它之后，可以通过编程产生正确的间隙。

library(devtools)
install_github("jokergoo/circlize")
library(circlize) # chord diagrams

mat = read.table(textConnection("
  A B    C   D  E F    G   H
A 0 0    0   0  0 0 1168   0
B 0 0 2545 278  0 0    0 337
C 0 0    0 817  0 0    0   0
D 0 0    0   0 10 0    0   0
E 0 0    0   0  0 0    0   0
F 0 0    0   0  0 0    0   0
G 0 0  561 326  0 0    0 281
H 0 0   46   8  0 0    0   0"))
mat = as.matrix(mat)

big_gap = 10
small_gap = 2

# For example three groups x,y,z
sector_grouping = cbind.data.frame(
  "Sec" = c("A","B","C","D","E","F","G","H"), 
  "Grp" = c("x","y","y","z","z","z","z","z")
)
# Check which, if any, groups lack both outgoing and incoming
empty_row = rowSums(mat)[sector_grouping$Sec] == 0
empty_column = colSums(mat)[sector_grouping$Sec] == 0
# Remove empty sectors
sector_grouping = sector_grouping[!(empty_row & empty_column),]
# Iterate and set a big gap (last sector in group) or small gap.
for(i in 1:nrow(sector_grouping)) {
  sector_grouping[i,"Gap"] = ifelse(
    sector_grouping[i,2]==sector_grouping[i+1,2],
    small_gap,
    big_gap
  )
}
# The last sector needs fixing (always assumed big)
sector_grouping$Gap[is.na(sector_grouping$Gap)] = big_gap
# Build named vector
gap.after = sector_grouping$Gap
names(gap.after) = sector_grouping$Sec

circos.par(gap.after = gap.after)
chordDiagram(mat, order = LETTERS[1:8])
circos.clear()

我要感谢circlize的作者@Zuguang Gu，在我联系他之后，他提供了及时的帮助。