mapply的Sparsematrix

Question

我正在尝试使用mapply，因为我已经使用过forloop，但它需要很长时间才能运行，所以我尝试使用mapply在r中计算一个大型的sparsematrix数据集，但我遇到了这个错误

Error in (function (t)  : 
  unused arguments (dots[[2]][[1]], dots[[3]][[1]])

这是一个较小的数据集

fam <- structure(list(ID = c(1L, 2L, 3L, 4L, 6L, 5L, 7L), dad = c(0L, 
                                                                  0L, 1L, 1L, 1L, 3L, 5L), mum = c(0L, 0L, 0L, 2L, 4L, 4L, 6L), 
                      GEN = c(1L, 1L, 2L, 2L, 3L, 3L, 4L)), class = "data.frame", row.names = c(NA, 
                                                                                                -7L))

library(Matrix)
hom = function(fam) {
  t1 <- min(which.max(fam$dad > 0), which.max(fam$mum > 0))
  t2 <- max(fam[["ID"]])
  A<-Matrix(0, nrow=t2,ncol=t2, sparse=TRUE)
  diag(A) <- 2-0.5^(fam[["GEN"]]-1)
 A<-mapply(t=t1:t2, function(t) A[[t,t]]<- sum(2-0.5^(fam[[t,"GEN"]]-  1)+0.5^(fam[t,"GEN"])*A[fam[t,"dad"],fam[t,"mum"]]),
    mapply(j=1:length(t-1), function(j)
      A[t,j]<-0.5*sum(c(A[j,fam[t,"dad"]],A[j,fam[t,"mum"]]))
    ), A <- as.numeric(tril(A)+t(tril(A, -1))))
return(A)
}

是什么导致了这个错误?我该如何纠正它？

谢谢

Answer 1

mapply的函数签名是

mapply(FUN, ..., MoreArgs = NULL, SIMPLIFY = TRUE, USE.NAMES = TRUE)

因此，第一个未命名的参数变为FUN (在本例中为function(t)...)。将您指定的t参数(t = t=t_start:t_end)传递给它。所有其他未命名的参数也会传递给FUN。在您的代码中，mapply还传递了

mapply(j=1:length(t-1), function(j) A[t,j]<-0.5*sum(c(A[j,fam[t,"dad"]],A[j,fam[t,"mum"]])))

和

A <- as.numeric(tril(A)+t(tril(A, -1))

作为参数传递给function(t)，即它将三个参数传递给一个只需要一个参数(t)的lambda函数。结果抛出了一个错误。它将类似于调用：

myTriple <- function(x) 3*x
myTriple(1, 2, 3)

我不确定第一个mapply调用后的其他行是什么意思，因此要解决这个问题，需要让function(t)接受(并使用)额外的参数，将它们移到function(t)定义中，或者将它们移出调用。下面是您的mapply调用的格式化，以使它更明显地发生了什么。mapply的所有参数都有相同的缩进：

  A <- mapply(t=t_start:t_end, 
            function(t) A[[t,t]]<- sum(2-0.5^(fam[[t,"GEN"]]-  1) + 0.5^(fam[t,"GEN"])*A[fam[t,"dad"],
                                       fam[t,"mum"]]
            ),
            mapply(j=1:length(t-1), 
                   function(j) A[t,j]<-0.5*sum(c(A[j,fam[t,"dad"]],A[j,fam[t,"mum"]]))), 
            A <- as.numeric(tril(A)+t(tril(A, -1)))
  )