未加载库：@rpath/libhdf5.103.dylib导入scanpy和表

Question

我已经在PyCharm中安装了scanpy和所有必要的相关包(表、numpy等)，但是当我尝试导入scanpy时，我收到以下错误：

ImportError: dlopen(/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.9/lib/python3.9/site-packages/tables/utilsextension.cpython-39-darwin.so, 2): Library not loaded: @rpath/libhdf5.103.dylib
  Referenced from: /Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.9/lib/python3.9/site-packages/tables/utilsextension.cpython-39-darwin.so
  Reason: image not found

当我尝试导入表格时，同样的错误也会出现，所以这似乎更根本上是导入包( scanpy所依赖的包)的问题。我已经尝试过卸载并重新安装scanpy和tables，以及PyCharm本身，但我仍然收到这个错误。

我对此还是个新手，老实说，我甚至不确定如何解释上面的错误消息或处理这个问题。libhdf5.103.dylib应该存储在其他地方吗？它看起来像libhdf5.103。looks当前存在于我的电脑上的usr > opt > anaconda3 > lib下。还有其他的问题吗？

Answer 1

我也有同样的问题。从conda安装pytables解决了这个问题。

conda install -c anaconda pytables

然后我使用pip安装了scanpy。

Answer 2

Neuronur工作的诀窍。如果您想节省一些存储空间，使其工作的底层方法是在您的环境中创建符号链接：ln -s /Users/yourLocalUserName/miniconda3/envs/your_envs_name/lib/libhdf5.dylib /Users/yourLocalUserName/miniconda3/envs/your_envs_name/lib/libhdf5.103.dylib

ln -s /Users/yourLocalUserName/miniconda3/envs/your_envs_name/lib/libhdf5_cpp.dylib /Users/yourLocalUserName/miniconda3/envs/your_envs_name/lib/libhdf5_cpp.103.dylib