加速创建对象和应用函数的重复性任务

Question

我正在尝试加速以下任务：

# For retrieving Cancer Genome Atlas RNAseq data

library(RTCGA.rnaseq)



# Extract information from sample ID about what kind of samples are in the dataset. 01 means tumor, 06 means metastatic tumor, 10 means healthy etc.

SKCM_sampletype <- as.factor(substr(x = SKCM.rnaseq$bcr_patient_barcode, 14, 15))
summary(SKCM_sampletype)

  01  06 
   1 367 

# Other objects I like to apply this function are (I have 30some objects but showing few below:
# (ACC.rnaseq,BLCA.rnaseq,BRCA.rnaseq,CESC.rnaseq,CHOL.rnaseq,COAD.rnaseq)

我想要做的是拥有一段代码，它将遍历一系列对象并执行substring和summary函数。我还想将所有的summary统计数据组合在一起，并绘制成如下所示的图形：

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我的主要问题与两个要点有关: 1-如何编写loop (或apply?)将使用objects的函数2-组织数据的最佳方法是什么，以便与ggplot2包一起轻松使用。

谢谢你的帮助！

Answer 1

您可以尝试跨感兴趣的列使用lapply，例如：

summarise_column <- function(x) {
  cat(x)
  summary(factor(substr(SKCM.rnaseq[[x]], 14, 15)))
}

lapply(c("the", "variables", "I", "would", "like", "to", "summarise"), summarise_column)