将Bam文件转换为CSV

Question

我有一个bam文件，谁知道如何将bam文件转换为csv文件？我正在尝试使用R-software打开bam文件，但我不确定如何从bam文件中获取变量，到目前为止，我已经使用了下面提到的代码：

rm(list=ls())

#install bam packages
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("Rsamtools",suppressUpdates=TRUE)
biocLite("RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14",suppressUpdates=TRUE)
biocLite("GenomicAlignments",suppressUpdates=TRUE)


#load library
library(Rsamtools)
library(RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14)
library(GenomicAlignments)
bamfile <- file.path("C:","Users","azzop","Desktop","I16-1144-01-esd_m1_CGCTCATT-AGGCGAAG_tophat2","accepted_hits.bam")
gal<-readGAlignments(bamfile)
gal
length(gal)
names(gal)

当我插入名字(Gal)时，它给我NULL不确定它是正确的。

我想将bam转换为csv，这样会更容易读取数据。

Answer 1

我建议将BAM转换为BED，然后将BED文件读取为R。

您可以使用bedtools将BAM转换为BED。

这个抽象代码应该可以工作：

bamfile <- "C:/Users/azzop/Desktop/I16-1144-01-esd_m1_CGCTCATT-AGGCGAAG_tophat2/accepted_hits.bam"
# This code line sends command to convert BAM to BED (might take some time)
system(paste("bedtools bamtobed -i", bamfile, "> myBed.bed"))
library(data.table)
myData <- fread("myBed.bed")

在这里，我使用data.table包中的函数fread来快速读取数据。