绘制一个接一个的Scanpy小提琴图时出现问题

Question

我正在使用scanpy分析一些数据，我试图一个接一个地绘制3个小提琴曲线图，但我似乎无法让它工作。我尝试了几种不同的方式使用子图，但它们之间的小提琴图总是出现空图表。我尝试了几种不同的策略，但似乎无法在1x3网格中将它们相邻。下面是我最新的尝试，以及部分情节，显示了一个堆叠在小提琴情节上的空情节。

plt.figure()
plt.subplot(1,3,1)
sc.pl.violin(visium, keys = 'n_genes_by_counts')
plt.subplot(1,3,2)
sc.pl.violin(visium, keys = 'total_counts')
plt.subplot(1,3,3)
sc.pl.violin(visium, keys = 'pct_counts_mt')

示例

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Answer 1

尝试设置multi_panel = True

如下所示：

sc.pl.violin(visium, ['n_genes_by_counts','total_counts','pct_counts_mt'],
             jitter=0.3, multi_panel=True)

Answer 2

在sc.pl.violin中使用标志multi_panel = True，或使用ax标志：

plt.figure()
ax1 = plt.subplot(1,3,1)
sc.pl.violin(visium, keys = 'n_genes_by_counts', ax = ax1)
ax2 = plt.subplot(1,3,2)
sc.pl.violin(visium, keys = 'total_counts', ax = ax2)
ax3 = plt.subplot(1,3,3)
sc.pl.violin(visium, keys = 'pct_counts_mt', ax = ax3)