我是一名微生物学家，刚接触PowerShell，我必须使用zgrep -u创建脚本

Question

我有一个fastq文件的文件夹(基因组序列)和一个带有条形码的excel文件(一系列20个核苷酸)，我想搜索所有fastq文件中的所有条形码，并获得精确的匹配。我单独使用了"zgrep -u barcode file1 file2 file3“来测试几个条形码，它可以工作，但现在我想创建一个脚本来为我做这件事，因为我有大约200个不同的条形码要在10个文件中查找。我不确定如何才能将zgrep整合到这样的脚本中。

Answer 1

你好，欢迎来到堆栈溢出。我非常抱歉，这里的一些人阅读了你的非IT背景，并肯定会含糊其辞地回答你。

关于你的问题：

首先，如果可能，使用以下PowerShell命令在您的计算机上安装ImportExcel模块：

Install-Module -Name ImportExcel -Scope CurrentUser -Force

之后，我们可以运行这个小脚本，对Excel文档中的每一行执行zgrep：

# Change this to the path to your file
$FilePath = "C:\Test123.xlsx"

$excelContent = Import-Excel -Path $FilePath
foreach($row in $excelContent)
{
    # Change columnName to the Name of the columne the barcodes are in
    zgrep -u $row.columnName file1 file2 file3
}

这应该是您解决问题所需的全部内容。